在塔利班当局继续拒绝交出恐怖分子本-拉登，发生冲突可能的局势日益紧张之际，有关印度和巴基斯坦核武库的安全问题，再度引起人们的关注。一些分析人士说，持久的冲突将会对核安全造成破坏性的影响。
据一些美国媒体报导，美国军方最近与巴基斯坦军方就巴基斯坦核武器的安全问题举行了磋商。不过，巴基斯坦高级官员拒绝承认举行过任何有关巴基斯坦核武器安全的会谈。巴基斯坦外交部发言人里亚兹-汗说，巴基斯坦的核武器是安全的。里亚兹-汗说：“我在这里要特别强调的是，我们方面完全可以确保我们核设施的安全。他们的安全得到了多重的保卫，在这方面不应该存在任何担忧。”
巴基斯坦据信拥有足够制造30枚原子弹的核材料。巴基斯坦还有两座核电站，一座是加拿大帮助建造的，另一座是中国援建的。在九月十一号恐怖主义攻击美国纽约和华盛顿之后，两个核电站的保安都得到了加强。物理学教授胡德霍伊是深入研究巴基斯坦和印度核武器项目的专家。胡德霍伊说：“我要说的是，目前印度和巴基斯坦都没有在导弹上安装核弹头，他们主要靠飞机携带。所以据估计那些核弹头分布在两个不同国家的一些空军基地里。在巴基斯坦估计有3到7个这样的空军基地，那里戒备森严。另外，那些核武器的弹壳与高能量爆炸物是分离的。所以说，核武器不是马上就可以使用的。”
胡德霍伊教授说，巴基斯坦的核武器材料在以巴基斯坦总统穆沙拉夫为首的军方的严密控制之下。他说在巴基斯坦军队内部没有因为巴基斯坦总统穆沙拉夫支持国际反塔利班联盟而有任何不满的迹象。塔利班至今拒绝交出被指称的恐怖分子本-拉登。不过，胡德霍伊教授说，如果美国及其同盟卷入了阿富汗国内的长期冲突，那么，巴基斯坦军队内部的不满就可能滋生。
胡德霍伊教授描绘了一种最坏的情况。他说：“现在只要巴基斯坦军方团结在穆沙拉夫将军的周围，情况就不大会改变，但是，一些事件可能会使情况发生变化。最坏的情况是军队发生分裂。这就意味着某些控制核武器的人会决定把核武器转移到其它地方或者用在其它地方。因此，在军队发生分裂时有可能性，但是现在看来还不大会因为军队分裂导致巴基斯坦失去国家对核武器的控制。”
即使在该地区目前的危机发生之前，核武器问题的紧张局势也十分严峻。巴基斯坦和印度自从50年前独立以来，已经发生了三次战争。而且目前两国都拒绝在全面禁止核试验的条约上签字。两国目前也都在研究发展可以携带核弹头的远程导弹。一些专家警告说，现在阿富汗的军事冲突，将有可能造成巴基斯坦军队的分裂，该地区核武器问题造成的紧张局势也正在进一步升温。
