中国与华盛顿合作打击恐怖主义，向美国提供情报和政治上的支持。但是这让中国的少数穆斯林族群的一些成员感到担忧，他们担心美国现在可能会缓和对中国在不安定的西部地区践踏人权的批评。
*维吾尔人不喜欢北京统治*
中国新疆的喀什是维吾尔人和其他大多数穆斯林少数民族的家。他们的文化、信仰和抱负都和同住在那里的汉人完全不同。汉人是中国的多数民族，他们统治这个国家，他们在传统上穆斯林居住的新疆的人口也在增加。住在这片崎岖、美丽的土地上的一些维吾尔人不喜欢北京的统治；他们希望成为一个独立的国家。
喀什繁忙的集市以地毯闻名，但是中国官员说，一些居民不只是在集市上向游客出售小工艺品，而是在策划革命。他们说，新疆的分离主义分子通过炸弹、暗杀和其他恐怖手段来争取独立，促使中国军队和警察在那里进行了长达一年的镇压运动。国际人权组织和美国政府经常批评中国政府在新疆逮捕许多人，其中有的人还被判处死刑。华盛顿也对去年一位著名的新疆女企业家因为据称介入分离主义活动而被监禁一事表示了强烈的抗议。当时，美国国会通过一项决议，要求将她释放。
*恐怖主义成为中美共同敌人*
但是中国学者和外交官薛谋虹说，9月11日对美国的恐怖袭击可能会减弱华盛顿对北京在中国穆斯林问题上的批评。
薛谋虹说：�拥有一个共同的敌人很重要，这是改善中美关系的一个重要因素。这个共同敌人就是恐怖主义。新疆的一些穆斯林维吾尔人说，他们感谢华盛顿过去为他们声张正义，但是他们担心，美国可能为了换取中国对打击恐怖分子嫌疑人本拉登和他的武装组织的支持而不再为他们说话。�
*人权宗教自由美国价值根本*
但是美国一位维吾尔族问题专家、迈阿密大学的德赖尔教授说，华盛顿对新疆支持的软化不会持久。德赖尔教授说，对人权和宗教自由的支持是一项根本的美国价值观，布什政府如果放弃对新疆维吾尔人的支持将会遭到批评。
德赖尔教授说：�我想双方都了解这一点，假设本拉登的问题能够解决，美国可能将再度提升对中国的批评。�
与此同时，中国外交部发言人孙玉玺否认中国要求美国做出让步以换取中国在全球反恐怖主义行动上的支持。
孙玉玺说：�对恐怖主义的战争是一场共同战斗，因为恐怖主义是国际社会的共同灾祸。所有国家都有义务保护自己的国民。尽管中国和美国存在着差异和争执，但是两国之间也有共同的利害。�
目前还不清楚，反对恐怖主义联盟对中国新疆维吾尔族和涉嫌分离主义分子的行动会带来什么影响。但是，薛谋虹教授说，尽管穆斯林少数分子对中国的领土完整不会构成真正的威胁，但是中国仍须严厉处理这个问题，因为穆斯林运动在争取独立的同时会造成许多伤亡。
