在美国和伊拉克关系持续紧张的同时，以色列国内居民重新开始领取防毒面具，购置房屋密封器具，这使人们想起海湾战争期间备战的紧张气氛。以色列政府建立了防范生化病毒攻击的急救组织。不过，美国、以色列的分析人士指出，如果伊拉克此次对以方目标进行非常规性武器的攻击，沙龙政府有可能采取核报复。
以色列目前在特拉维夫周边地区，布置第二代防空导弹系统，以防止来自伊拉克可能的空袭。早在1991年的海湾战争期间，虽然美国的“爱国者”导弹曾成功拦截过伊拉克的“飞矛腿”导弹攻击，但至少30枚同类的空对空导弹击中了以色列境内目标。与海湾战争期间相比，以色列军方当前所拥有的防卫系统，已经大大提高了空中拦截能力。 不过，这并不能有效的施用于化学和生物等“非常规”性武器的攻击。
*敏感地区防御措施*
中东分析人士预测，如果伊拉克使用生化等非常规武器对特拉维夫、海法等居民密集区进行攻击，并造成重大人员伤亡，沙龙政府完全有可能使用核力量进行反击。以色列空军上将哈卢兹明确指出，以方正在为伊拉克可能的空袭做好准备，特别是在敏感地区做好积极的防御措施。他强调指出，如果以方目标受到攻击，将肯定会做出反应。以色列军事专家沙易夫认为，以色列在被空袭的初期，有可能会首先使用常规武器进行反击。他说，但如果所受到的攻击持续，特别是因为生化武器的攻击而造成重大人员伤亡，那么使用核武器反击的可能性是存在的。
*生化攻击难以防范*
以色列退役将军丹恩.邵穆拉安指出，以军对所有类型的飞机所进行的空袭都有行之有效的对付措施，至于导弹袭击，肯定不能百分之百的拦截，但有信心将造成的人员伤亡控制在所承受范围之内。丹恩.邵穆拉安承认，现在以色列所面对的真正棘手问题是：如何对付生化等“非常规武器”性武器。
以国防部高级官员承认，虽然以色列目前掌握了包括“天花”病毒在内部份疫苗及相关防治措施，但没有可能对所有的生化攻击做好准备，除此之外，没有人知道伊拉克的可能性攻击中将使用哪一种具体的生物病毒。
