台湾卫生单位表示，有关非典型肺炎的感染原，可能是一种新型的流感病毒，由于台湾也出现病例，官方表示有必要加入世界卫生组织。
造成台湾恐慌的非典型肺炎，经过一连串的检验，台大医院目前已排除现有的流感病毒、禽流感、呼吸道融合病毒以及腺病毒的可能性。台大医院感染科主任张上淳表示，经过特殊细胞染色，目前院方倾向认为致病原是某一群病毒，可能是新型流感病毒：“我们目前已知常会造成人体呼吸道感染的病毒，基本上是被排除的，所以如果是变种病毒，也许有可能，不过，也有可能是另一种全新的病毒，或是本来会感染动物的病毒，意外的又感染到人的身上来。”
张上淳医师还指出，在患病的勤姓台商夫妇的病理切片报告中，并没有发现细菌、霉菌以及退伍军人菌，虽然无法百分之百确定是某一种致病原，但是在切片中发现多核巨细胞，目前正朝向某一群病毒进行研究。
*台湾称为严重急性呼吸综合症*
非典型肺炎目前在台湾称之为严重急性呼吸综合症，台湾卫生署疾病管制局长陈再晋则表示，应该是呼吸道融合病毒造成的感染，临床表现有咳嗽、咳血、呼吸困难、发烧、肺炎等：“这些呼吸道的病毒就是因为它的特性，寄居的地方是从鼻腔一直到肺组织整个呼吸赖墓�程，特别是在肺组织造成破坏，导致发炎很严重，让正常的新鲜空气可以吸收到肺部，但是却无法进行有效的氧气交换，造成病人生命功能的障碍。�? 台大医院还表示，典型的呼吸道融合病毒主要侵犯两、三岁的幼儿，对成人几乎没有杀伤力，但是如果这种奇怪肺炎的原凶是呼吸道融合病毒，就可以确定这种病毒发生了很严重的基因突变。
值得一提的是，不明原因的严重急性呼吸综合症，目前在大陆、香港及越南等地传出病例，也影响台湾旅客前往这些地区旅行的意愿，很多民众不是取消旅游计划，就是延后再去，而口罩现在的销售量也比过去同期高出五到十倍，尤其在医院或是机场都可以看到不少民众戴上口罩。
*要求加入世界卫生组织*
面对这项全球性的肺病疫情，台湾出现疑似三起病例。由于台湾被世界卫生组织排除在外，台湾外交部18号致函世卫组织西太平洋办公室，吁请将台湾纳入全球疾病防治网。外交部发言人石瑞琪以全球卫生体系网的漏洞形容台湾两千三百万人的人权与卫生权益没有获得保障，这种做法不正义也不合理。对于台湾争取加入世界卫生组织一事，台湾行政院长游锡坤在立院公开表示，不管是用中华民国或是台湾，只要能加入，用什么名称都没有关系。
