到星期四下午为止，台湾萨斯可能病例89个，怀疑病例97个，死亡3人。可能病例、怀疑病例及未确定病例共386个，通报病例累积四百八十九人，已经逼近三月底制定的三级防疫动员的关卡。另外，本土感染的人数已经超过一半，如何防止社区感染是台湾政府面临的最大挑战。
面对萨斯疫情继续扩大的局面，台湾总统陈水扁5月1号上午召开因应萨斯疫情国安高层会议，陈水扁表示，萨斯疫情之严重已经关系到台湾的安全。他希望通过这次会议，能够规划出更周详尽的因应对策，最大限度地降低萨斯疫情的冲击。
* 一场长期防疫战争*
陈水扁说：萨斯疫情发展迄今已经不再是单纯的公共卫生问题，而已经提升到国家安全的层次。必须要有全面的关照，针对防疫、社会、经济、两岸跟国际等各个方面，严肃思考。通盘规划。
陈水扁总统表示，萨斯可能会演变成一场长期战争，他呼吁台湾人民做好心理准备，迎接挑战。
陈水扁说：对抗萨斯的战争也可能会演变成长期的抗战，时时刻刻挑战台湾公共卫生的体系，以及全民防疫的能力。台湾必须坚强的站起来，勇敢地面对这全新的变局，迅速建立起一套符合国际标准的检疫和防疫体系。
陈水扁也强调，防疫工作不分你我，卫生安全更是人人有责。面对如此严峻的考验，台湾没有悲观的权力，更没有不合作的本钱。只有精诚团结，才能够早日度过难关。陈水扁还表示，他将会晤在野党领袖，希望能共同完成这一场抗疫任务。
陈水扁总统在抗疫国安高层会议上做出五点指示：第一，指示行政院长游锡坤和中央研究院长李远哲共同召集成立全民对抗萨斯委员会，落实防疫工作；第二，全民团结一致，防疫宁可过、绝对不可不及，将民众的恐慌降到最低点；第三，研究拟定协助受冲击最严重的产业和人民；第四，加强与中国、香港等 国家在防疫方面的合作；第五，疾病无国界，要加强国际防疫合作。
*拒绝隔离医生下落不明*
在台湾积极防治萨斯病的同时，也出现了一些混乱局面。目前受到行政院点名的有，仁济医院院长隐瞒萨斯疫情，造成院内感染以及封院。和平医院一名耳鼻喉医师对政府数次召回医院接受隔离置之不理，而在外面看诊，与民众接触。和平医院消化系外科主任周经凯拒绝回院隔离，至今下落不明。另外，嘉义基督教医院在没有通报的情况下把怀疑患有萨斯的病人转移到台大医院。
对于部份医疗院所以及医疗人员在防治萨斯工作上的明显疏忽，行政院长游锡坤认为「事态严重、非同小可」。他立即指示卫生署从严查处，并说，失责医师除罚款外，不排除吊销医师执照。在星期四举行的行政院记者会上卫生署副署长李龙腾宣读了卫生署的处理意见。
李龙腾说：为避免疫情扩散，卫生署要求各医疗院所或医师通报萨斯疑似病患应于24小时内将胸部X光、详细接触史、相关症状及检验结果送达卫生署疾病管制局，否则视同未及时完成通报，将予以处份。卫生署也要求各医疗院所转介萨斯疑似病患应该妥为安排救护交通，及告之受转诊医疗机构，否则将依劳工安全卫生法第五条及传染病防治第五条及二十九条论处。
行政院发言人林佳龙在记者会上宣布了罚款金额。
林佳龙说：依照传染病防治法第二十九条、第四十条规定，可处医师新台币九万元以上、四十五万元以下罚款，并对所属医院处以三十万元以上、一百五十万元以下罚款。 违反的医师将依照医师法第二十五条的规定移送惩戒。
台北市长马英九星期四表示，将追究所有违反传染病防治法的医护人员的责任。目前台北市政府在征询台北地检署后，已经由警察局对至今未归的和平医院医师周经凯展开全面追查，将强制捉拿回院隔离。
*接触病人获得第一手材料*
但是在防堵萨斯的作战中也出现了不少感人的场面。不少医务工作者自愿来到遭到封院的和平医院和仁济医院，参加抗击萨斯的战役。星期三就有六名护士自愿来到萨斯病患隔离医院，她们在上车前互相打气，手搭手高喊加油。另外，星期四一大早，民进党重量级人物、高雄市长谢长廷的女婿走进和平医院的大门。他是和平医院耳鼻喉的医生，半年前到外地受训。现在训练结束，他可以不回到和平医院，但他还是主动返回医院。
阳明大学医学院教授刘武哲认为，这些到第一线的医生值得敬佩，他们其实是聪明的，他们可以通过实践得到有关萨斯病毒的第一手材料。
刘武哲说：自愿跑进去照顾病人的医生是聪明的，你要进去治疗过那种病人，才能真正了解病人的状况。还可以了解将来怎样治疗。因为这是第一次有这样的病人。
