有迹象显示，东南亚以及一些非洲国家正在不断出现穆斯林极端分子的活动。不过这些极端活动并非都受基地恐怖组织的直接指使。他们似乎正在采取“各自为战”的策略，响应本・拉登展开全球伊斯兰圣战的号召。
新加坡>援引有关的调查显示，摩洛哥卡萨布兰卡自杀炸弹爆炸事件中的13名爆炸人员，同属摩洛哥两个极端伊斯兰组织。他们是独立采取攻击行动的。在筹划卡萨布兰卡爆炸事件过程中，他们并没有获得基地组织的什么指示，也没有获得基地组织的物质支持。然而这些伊斯兰激进分子却在逐步实现本・拉登的伊斯兰“圣战梦想”。报导分析认为，伊斯兰恐怖分子更多的是认同基地组织的“思想及目标”，自发采取行动，而无需获得基地组织的实际支持。媒体援引恐怖问题专家、“亚太基金会”主任戈黑尔的话说，基地组织或许就是最强大的“跨国角色”，因为它同所有各类恐怖组织拥有共同的价值观，这就是反西方、反世俗、摧毁自由世界。
正是由于有了这种特点，尽管本・拉登的基地恐怖组织处在四处被围堵的境地，穆斯林激进分子组织以及他们的活动并没有消失的迹象。以泰国为例，泰国总理他信星期四首次公开承认，泰国存在他所说的“土生土长的穆斯林极端分子”。泰国政府正在密切注视这些恐怖分子同国际恐怖组织的联系和动向。
在柬埔寨方面， 柬埔寨武装警察星期四关闭了首都金边附近一所私立的伊斯兰学校。理由是这个学校的一名埃及人以及两名泰国人涉嫌与恐怖主义分子有联系。警方还说，这个学校的经费来自沙特阿拉伯，但是具体来源并不清楚。警方已经命令与这所学校有关的28名外籍教师以及22名家属星期日前全部离境。这些教师和家属分别来自许多穆斯林国家。有关这个事件的调查目前仍在继续。
在印度尼西亚，涉嫌制造巴厘岛爆炸事件的主谋星期三对印尼的一家法庭说，他本人与本・拉登很熟识，但是本・拉登并没有对他的爆炸活动提供任何帮助。这位巴厘岛爆炸涉嫌人员还引用了《古兰经》中的一段话为自己独立执行恐怖行动的动机做解释。这段《古兰经》的大意是说，沿着真主的道路进行斗争，同与穆斯林为敌的人战斗到底。评论认为，伊斯兰圣战的号召似乎已经将东南亚以及非洲的一些伊斯兰激进分子动员了起来。
