台湾连续创下新增萨斯病例和死亡病例双零的记录。在萨斯疫情明显减缓的时候，人们开始认真考虑在抗萨战役中突显的台湾医疗体系的问题。
从3月中旬到现在，台湾民众与萨斯进行了将近3个月的殊死搏斗：3月14号台湾出现第一个萨斯病例；4月24号，台北市和平医院因院内感染宣布封院；5月12号，卫生署公布萨斯分级转诊计划构；同一天晚上，台大医院宣布关闭急诊室，这是百年来的第一次；5月19号，第一家萨斯专门医院--国军松山医院开始运作；5月30号，卫生署宣布12家萨斯专治医院6月17号全面投入使用；6月4号，首创新增萨斯病例和死亡病例零记录。
*功利挂帅品质落荒*
在这将近3个月的时间里， 出现了一些令人费解的现像。例如，卫生署在第一个萨斯病例出现后就宣布，将征调北、中、南、东四家署立医院成立萨斯专治医院，但是到5月底才确定下来。再有，卫生署自始至终对萨斯复压病房床位的调度就非常困难，造成台大医院急诊室停诊。另外，口罩和防护衣的调度失灵更是让人感到莫名其妙。
台湾中央研究院社会所研究员张笠云认为，台湾医疗体系的管理和利润挂帅是问题的根本。根本的原因在于台湾的医疗系统在过去25年左右，整个医疗走向管理挂帅和利润挂帅。在追求最大的利润，追求管理效率下，医疗专业本身没有办法捍卫自己的医疗品质。在这样一个概念下，这次萨斯出现了很多问题。
*调度转院制度欠缺*
台湾拥有庞大和复杂的医疗体系，它的医院分别属于国立、署立、私立、市立和军队医院，另外还有数不胜数的诊所。负责指挥抗萨战役的疾病管制局曾经抱怨说，他们手中既没有胡萝卜又不敢挥棍子，何以能够调度病人的转院？但是张笠云认为，卫生署既有胡萝卜也有棍子，只不过都没有发挥作用罢了。胡萝卜是在我们的健保一年的费用大概有3千亿左右，能够用于医院的有两千三百亿。其实他要是用胡萝卜诱导医院在防疫方面发挥功能，其实是有政策工具的。其实这次核心的问题是卫生署自己不敢调动，就行政权力来讲的话，如果宣布进入紧急状况，它其实可以很自由地调动各个医院。这次陈水扁大概非常保留，也没有预计问题会这么严重。
台湾一直为拥有一个完善的全民健保体系而感到骄傲。台湾民众拿着健保卡可以到任何医院看病，根据医院的等级支付费用。比如说，到小诊所看病，民众只需交纳很少的挂号费。到一般医院看病，除了挂号费外，还需交纳100到150元台币的门诊费。如果到大医院看病，门诊费就要上升到500元。其他费用一律由健保支付。也就是说，到医院看病的人越多，医院从健保领到的钱也就越多。
中央研究院的张笠云表示，台大医院接收了第一位萨斯病人后，到台大医院看病的人数几乎减少了一半，经济损失严重。在利润挂帅的思想下，医院都担心接收萨斯病人会使营业额减少，因此把萨斯病人当做人球踢来踢去，使台湾萨斯疫情一度恶化。医院对于萨斯病人有些时候该瞒就瞒，有些时候为了节省经费和成本，该做的很多动作都没有做。民众去看病的时候通常医院一定会把你丢出去，叫做人球，丢来丢去。所以许多民众去看病的时候其实不敢讲他曾经去过哪家医院，或者曾经有过什么样的状况。他要是讲的话，医院就会说，我连挂号费也还你，你走吧。
*健保局功效不足*
国民党立委黄昭顺认为，其实台湾的健保体系还是不错的，但是缺乏完善的转诊制度。原来应该是大医院看大病，小医院看小病，诊所就是要过滤这些病人。但是一开始时小医院也不收，大家都不收，所以才会把台大医院弄垮。这是值得检讨的。我认为未来健保局还是应该建立转诊制度。
黄昭顺立委表示，立法院通过萨斯条例，发挥健保作用后，疫情开始疏缓。起初健保局没有介入的时候，大家对萨斯的疫情可以说是相当的紧张。因为只要医院被通报有萨斯，就几乎等于完蛋了。但是后来立法院通过萨斯条例，规定医院通报了萨斯病例，引起病人都不来看病。可是健保局还是给医院去年百分之80的钱补助。所以后来大家都愿意通报病例了。
