人权观察组织和“埃及人权项目”的联合报告指出，尽管埃及宪法保护宗教自由，但是埃及政府拒绝在国家颁发的证件中承认那些从伊斯兰教皈依其它宗教的人，也不承认一些少数派宗教。这份报告指责埃及政府官员不向巴哈伊教教徒颁发身份证和出生证。
在埃及，16岁以上的公民都必须拥有身份证，上面有一栏专门注名持证人的宗教信仰。但是，负责颁发身份证的埃及内政部只承认伊斯兰教、犹太教和基督教这三个被埃及政府称为“圣教”的宗教，拒绝接受其它宗教。这使巴哈伊教和其它少数派宗教信徒在埃及社会中被边缘化了。
埃及当局还拒绝为皈依其它宗教的伊斯兰教徒颁发带有新宗教标识的身份证。人权观察组织的报告说，埃及官员拒绝登记这种宗教上的改变，有时甚至企图让持证人再次皈依伊斯兰教。有些皈依其它宗教的人伪造文件表示自己已经改变宗教信仰，因此受到伪造文件罪的起诉。
人权观察组织中东和北非部门副主任乔.斯托克说：“很显然，埃及官员认为，当他们不喜欢某个人的宗教信仰时，他们有权为别人选择宗教信仰。”他敦促埃及政府确保埃及人能够将他们的宗教信仰在国家颁发的证件上显示出来。
他说：“我们认为，在处理这类事情方面，如果埃及政府能够简单地遵循现存的埃及法律，就会树立一个宽容的典范，而不是一个不宽容的典范，而且会朝向解决更严重的社会偏见方面迈出建设性的一步，尽管是一小步。”
美国总统布什说：“自由是上帝赐予的，刻在每个男女老幼的心上和灵魂里。我们必须继续在美国和世界上促进宗教自由的重要性。”
