面对日本的驱赶和渔船遭到扣押，台湾渔民认为政府护渔不利，决定自力救济。不过，相关单位则强调，希望渔民理性，政府也会展现护渔的决心。
由于不满遭到日本巡逻艇的驱赶，再加上认为政府护渔不利，台湾宜兰地区的渔民转而向立法院陈情。立法院长王金平星期四也邀请了国防部、海巡署、外交部等单位和渔民代表沟通。
*渔民扬言将扣押日本船只*
有渔民表示，不论是海巡署或是海军，都没有办法解决台湾渔船被日方无理扣留的问题。另一方面，却没有一艘日本渔船因为进入台湾经济海域而遭到扣留。渔民扬言，将从6月21号开始自力救济，只要有日本船只越过暂订执法线，就将集结渔船扣押。
立法院院长王金平也认为，海巡署应该更强硬，只要有日方渔船再进入台湾暂订执法线，就应该予以扣留，严正表达抗议。
不过，海巡署署长许惠佑则呼吁渔民要理性。他说，渔民如果在台湾的经济海域暂定执法线之内作业，海巡署一定会保护渔民的安全，不受到干扰。而渔民如果有其他作业的地点，也可以透过渔会向海巡署申请，海巡署将派船尾随保护。
许惠佑强调，海巡署护渔的决心不容怀疑：“护渔，我们也护到让日本方面在渔业会谈上提出来抗议，我们这么强势的作为、努力的态度还遭到误解，因此基层同仁反应，宁可战死也不要气死。”
*两艘海军军舰执行护渔任务*
国防部长李杰也表示，海军执行护渔的任务从来没有松懈，只是海军向来扮演配合海巡署的角色。不过，对于渔民的不满，他已经下令海军护渔舰即日起要在争议海域让作业的渔民看见，让渔民感到安心。
李杰说：“拜托大家不要随便讲军方软弱，我们有两艘军舰就在旁边嘛，每次都是这样做，哪里来的错误呢？”
行政院长谢长廷星期四重申台湾政府护渔的决心。他保证政府会在经济领海之内保护渔民，绝不妥协。他也希望渔民不要自力救济，以免发生伤亡。
外交部长陈唐山还指出，台日渔权争议引起了广泛的注意，这种正面的力量已经促使日方正视问题，愿意上谈判桌。他表示，双方近期将在东京召开第15次渔业会谈，到时将由农委会主谈，如果有任何结论，外交部将代表政府签署协定。
