针对台湾国安局秘密帐户泄密事件所引发的争议，陈水扁总统强调，国家安全与新闻自由之间没有矛盾与对立，而相关单位对于侦办的方式必须要审慎检讨。他还强调建立情治系统法制化相关机制的重要性。
台湾国安局秘密帐户泄密事件引发的新闻自由和国家安全争议，陈水扁星期一于总统府召开军事会谈时对此发表了重要谈话和看法 ，针对新闻自由，他说国家安全与新闻自由之间没有矛盾与对立：“国家安全是国家人民赖以生存之所系，新闻自由则是巩固民主改革的根基，两者皆不可偏废。”
陈水扁还指出，在宪法的保障与成熟的民主制度之下，国家安全与新闻自由都不能无限上纲。任何人都不能以国家安全为理由而断送民主的生机，甚至以国家安全作为损害新闻自由的藉口。在最近的事件中，国家安全与媒体自由必须并存兼顾，相关单位在危机处理、损害控管的过程中，对于侦办的方式必须审慎检讨。陈水扁也期待媒体能谨守专业的自律，发挥民主监督、舆论制衡的功能，善尽做为第四权的社会责任。
陈水扁还说，十年前，他个人有机会担任立法院国防委员会召集委员，就提出了军队国家化、情治单位法制化、军政军令一元化、军品采购公开化的四大国防改造方向，印证于政党轮替后的发展及近日之事件，他个人可以说有最深的感触。然而，正当改革转型的关键时刻，未能防范疏失、根绝积弊，更是必须痛定思痛、深自检讨的当务之急。
他还指出过去一些非制度化的作为，尽管有其历史缘由及时空背景，未来都必须纳入常轨、回归法制，并且接受监督。他已经在今年一月九日明确指示，贯彻情治单位法制化，国安局过去非制度内的相关经费必须依法缴交国库。
不过，尽管陈水扁总统对此事件表达了明确的立场，但是无党籍立委陈文茜却表示，现任总统陈水扁、民进党主席谢长廷过去都有泄漏国家机密的纪录，她认为如果要办泄漏国家机密，陈、谢两人应该先被查办。陈文茜表示，陈水扁过去担任立委质询时曾明确指出，政府向美国采购武器整备金孳息 200 亿元新台币去向不明，还对外公布这些钱是以台湾高级将领私人名义存入美国银行，另外还在1993年大爆F-16战机采购过程可能有弊端：“民国82年(1993年)，你这一百多亿的预算，比这次还要高的预算被揭发出来，同时也都是对美国国会议员的游说，其实，坦白讲，也违反美国的法律，我讲出这个资料就是台湾的民主是大幅度的倒退。”
此外，陈文茜还指出，曾经也担任过立委的民进党主席谢长廷公布过一份国安局内部的机密文件影印本，揭发情治单位涉及在学术界成立外围组织的内幕。 陈文茜说民进党这种昨是今非的作法让人无法苟同。
