台湾是否应该就加入世界卫生组织以及核四工程进行公民投票的辩论，由于美国的介入而进入新高潮。
一段时间以来，台湾总统陈水扁和他所在的民进党积极推动就台湾加入世界卫生组织的问题举行公民投票。但是这一提议遭到在立法院占多数的国民党和亲民党的极力反对，就连美国也对公投问题持反对意见。据报导，美国在台协会台北办事处处长包道格在会晤陈水扁总统时表示，美国认为台湾不应该就任何议题举行公民投票。6月21号，美国国务院表示，陈水扁总统曾经承诺[不就统独问题进行公民投票]，美国也[认真看待]这项保证。
*陈水扁提出人民决定未来*
面对反对党和美国方面的压力，陈水扁总统星期天在国立中山大学校友总会成立大会演讲时指出，作为总统，他有责任捍卫国家主权、尊严与安全。他说，台湾不是别人的一个省或一个州，台湾的未来与前途，只有二千三百万台湾人民才有权决定，包括行使公民投票等国民基本人权，绝非任何国家、政府可以剥夺、限制或反对的。陈水扁的这一讲话，被认为是针对美国对台湾举行公投的回应。
民进党立法委员王淑慧表示，世界上很多国家都曾经就重大问题举行过公投，这也是民进党多年来的夙求。王淑慧说：我们一直都主张公投。公投在世界各国，尤其像日本，连琉球那个小地方，对美国和稻米问题都可以表达意见。民意代表虽然是被选举出来的可以代表民意，但是没有办法全部含盖。所以我们就希望能够透过公投法。现在陈总统发现这种需求的声音非常的高昂，所以他在最近的立场上就比较坚定一点。
*公投目的争论不休*
国民党立法委员何智辉则认为，对于台湾加入世界卫生组织这样的问题，民众有普遍的共识，所以应该通过宪法框架下的人民复决，而不是公民投票。他说，在大选前举行这样的公投，这显然是有政治目的的。何智辉说：所谓公投，就必须有正反两面不同的意见，用投票来统计对这个问题的多数民意，才要所谓的公投。可是台湾加入世界卫生组织基本上没有人反对，不管是在朝在野，我相信，全台湾的人民都支持政府加入WHO。在这种情况下有必要办理公投吗？我想这是一个政治的动作，而不是实际上解决问题的一个动作。
但是民进党立委王淑慧则认为，共识需要证据，而公投结果就是最好的证据。王淑慧说：一致的说词是没有人信服的。我想全世界的人都会拿数字来做比较。你说我们一致，一致是什么意思？我想没有一个国家可以接受所谓的一致。任何的问题都没有百分之一百，如果有赞成和反对的声音，全世界各国人民才能了解一个自由民主的国家表达的方式是这样的。
对于美国对台湾举行公投的关注，王淑慧表示，萨斯使台湾民众越来越团结，对中国政府有关帮助台湾抗萨的谎言越来越气愤。在这种情况下，台湾政府希望透过对世界卫生组织的公投来表达台湾人民对中国的不满。王淑慧说，尽管她可以理解美国对公投可能带来两岸关系恶化的担心，但是美国应该听听台湾人民的心声。王淑慧说：我想美国有美国的考量，它一直不希望台海有任何的变化。如果台海有变化的话，美国会忙不过来。基于这样的观点，美国比较希望保持现状。如果公投的话，这个法通过的话，很有可能我们会要求统独公投。我想白宫当局应该不太想看到这样的局面。美国好不容易把中国安抚下来，如果台湾还有所动作的话，他们比较难处理。所以美国让我们谨慎是好意，我们不会把它解读为不好的。因为毕竟统独对立的话，有很多问题必须思考到。美国方面其实也应该听听台湾的声音。
*公投是台湾内政*
国民党主席连战表示，台湾的未来只有全体人民有权决定，没有人可以越俎代庖。亲民党主席宋楚瑜也表示，美国虽然是台湾的盟友，但是不应该干涉台湾内政。国民党立法委员何智辉表示，公投是台湾的内政，美国无权干涉。何智辉说：美国的关切是基于台湾、台海跟美国和亚洲地区利益的考量。也就是说，台湾如果发生动荡的话，当然会影响区域的平衡。如果说只是适度地表达美国的看法跟关切，而不是用干预台湾内政态度的话，我认为，在国际上这种资讯上的交流是可以接受的。如果美国是干预台湾内政的话，站在我们的立场是没办法接受的。
但是何智辉立委表示，政府并没有公布美国和台湾在这个问题上的交流情况，人们只是从媒体上看到有关报导，因此他很难判断美国的做法是对台湾事务的干涉还是正当途径的意见交流。何智辉强调指出，目前对台湾最重要的是建立公投法，确保公投的合理性。何智辉说：公投如果没有一个很完整的规范的话，很可能以后会有很多公共议题就会以公投作为一个工具。假如说，要减税，如果这种事拿来公投，多数也会同意减税。这种公投有意义吗？但是如果今天把国家的国号或者国旗拿来公投的话，当然这就代表一个主权，就会引起统独得争议。以台湾目前的情况跟国际上美中及整个亚洲地区的现况来讲，适不适合？所以公投法应该要有配套的措施，除非限制在一些议题里面。
*核四公投苦行直逼总统府*
除了台湾加入世界卫生组织的公投外，陈水扁总统目前迫切需要解决的是核四公投问题。由前民进党主席林义雄领导的核四公投苦行星期天完成了全台湾22个县市的行程，他们将于7月4号举办[进坐总统府]的活动，要求陈水扁总统履行承诺，最迟在明年总统大选日同步举行核四公投。
据报导，尽管美国对台湾公投一事表示严重关注，但是台湾政府高层表示，美国注意的是统独问题，不应该与公共政策纠缠在一起。因此政府将在核四公投苦行队伍进坐总统府的当天发表重大决定，对反核人士表达善意。
