两岸直航近来一直是台湾相当热门的话题，台北市政府交通局最近完成了台北机场直航大陆可行性分析报告，认为由台北机场直航大陆最佳的时机是2005年高速铁路通车之后。预估到时每天大约有252个班次飞往中国大陆，直航目的地以航程在两小时内的大陆华南地区城市为评估对象。尽管台湾中央政府对两岸直航还没有一套具体的规划方案，但是直航呼声最高的应该是桃园国际机场。不过台北市长马英九强调，在两岸关系方面，台北市政府会尊重中央意见，不会刻意跟中央唱反调，但是也不能事事等中央做主，必须发展一套符合台北市民利益的政策与做法。
马英九说: 我们可以预期未来两岸之间的运量会超过我们所有国际航线的运量，在这种情况之下，不可能由一个机场来独自担纲，因此很多机场都加入才有可能，到时不必考虑国际，国内的问题。
台北市交通局还指出，统计资料显示，台北地区每年大约有一百万人次前往中国大陆，方案估计，未来上海、广州是最适合直航的前两名大陆城市；如果预测大陆人士来台旅客人次的分布，重庆、北京来台的旅客人次应该最多。但是，另一方面，两岸到目前为止一直无法直航，最主要仍然是卡在政治问题，两岸航线的定位问题也是争执的焦点，台北市长马英九对此发表了他的看法。
*定位为特殊航线避开政治争论*
马英九说:两岸航线应该是国内航线，还是国际航线，没有人有正确的答案，所以最好的办法就是定位为特殊航线。这个时候，飞国际机场，或飞国内机场，都没有关系，因为是特殊航线。这是最聪明的解决办法，因为怕被认为是国际航线，或怕被认为是国内航线就犹豫不前，我觉得是把自己手脚绑起来的做法。
不过，对于台北市交通局评估台北机场作为两岸直航机场行得通的说法，主管单位民航局认为，台北机场的能量目前已经超饱和，单是台湾内部航线班次已让台北机场消化不良，如果再加上两岸直航旅客，势必会对机场服务造成重大冲击。 官员表示，短期内台北机场无法扩大服务层面，除非台湾高速铁路通车之后，台湾飞机航线大减班，台北机场才有容量来接待直航旅客。
此外，马英九在一场演说当中还谈到了为什么要关心两岸问题，马英九说，两岸经贸往来非常密切，去年两岸贸易额超过了三百亿美元，台湾对大陆顺差一百亿美元；而到大陆投资的四万家台商企业当中，很大一部分是来自台北市。身为地方首长的他不能忽视，台北市政府也必须对日益密切的交流事宜有明确的态度。 展望未来，马英九说，照目前的情况看来，不管两岸进不进入世界贸易组织，台湾都必须与大陆协商，否则只会对台湾不利。对台湾有利的做法应该拿出具体办法，建立台湾、大陆企业分工的模式，把研发重点和高科技留在台湾。
马英九也以政府迟迟不开放地方首长赴大陆访问作为例子，希望中央政府不要自我设限，胆子大一点、气魄大一点、胸襟大一点，把两岸关系稳定在双方都可以接受的层面。他希望正在推进的经发会能研究这些问题，掌握台湾的优势好好发展，否则台湾在两岸关系上的筹码将会愈来愈少。
