日本首相小泉纯一郎21号发表书面讲话，欢迎日中贸易谈判达成协议。他认为，协议将有助于日中友好和经济关系。小泉首相说，尽管日本的要求没有完全得到满足，但是，日本政府还是决定不对中国三种农产品实行全面进口限制，这是因为这一问题可以在今后日中两国组建的协商框架中得以解决，同时也是从日中友好和日中经济大局出发。
出席21号贸易谈判的日本农林水产省大臣武部勤对协议表示满意，他说：这次达成的协议内容具有实际意义，我们相信通过两国有关方面的努力是可以解决这场纠纷的。日本国内生产大葱，鲜菇等农产品的农户对于政府的决定，有的担心只靠协商框架，是否真正能够控制中国产品的进口，希望政府实行保护措施，有的表示，要依靠质量，同中国产品展开竞争。
因中国6月开始对日本汽车，移动电话和空调机采取提高关税的报复措施，对中国出口几乎处于停止状态的日本汽车领域表示要立即恢复出口。丰田汽车公司总经理张富士夫说：我们希望尽快恢复成品车对中国出口，也愿意为此做出努力。
* 双方各有所求需要相互让步 *
日本舆论界认为，日中贸易谈判达成共识是日中两国政府意向不谋而合的结果。日本主要报刊，日本经济新闻，朝日新闻和读买新闻等都在21号晚刊头版头条登出贸易谈判达成协议的消息。各家电视台也着重做出报导。日本一家电视台发自北京的报导分析说，尽管日中两国在多次谈判中互不让步，但实际上又都不想吵架。
各媒体分析说，日本政府担心一旦全面实行限制进口，不仅使贸易摩擦激化，同时可能影响两国关系大局。日本经济产业省认为避免摩擦是最大的国家利益。面对入世以后的中国市场，欧美日已经展开争夺，日本若是因为这场贸易纠纷失去中国市场，岂不是得不偿失。日本产业界也持相同观点，一直呼吁政府撤回限制措施。另有分析指出，中国也并不想同日本闹翻。一是刚刚加入世贸组织，二是需要进一步强化贸易。中国也同样希望尽快结束这场贸易战。
今后中国农产品是否能够控制，日中贸易仍有许多课题。日中两国在21号达成协议中规定，为了解决大葱等三种农产品贸易纠纷，今后要组建一个协商框架，主要依靠民间组织自行解决。不过，日本国内纤维行业等也传出要求政府限制中国产品进口的呼声，贸易纠纷今后仍然有可能发生。日本经济产业相平沼赳夫表示，今后日中两国还会出现一些问题，可以把这次协议作为基础，使两国关系进一步发展。另据悉：日本政府希望今后与中国组建一个综合性贸易协商框架，防患于未然。
