台湾前国安局官员贪污舞弊案如雪球般越滚越大，不仅引发了对新闻自由的争议，也引起民众对秘密国安基金是否合法的关注以及可能危害台湾务实外交的疑虑。
[中国时报]报导，因贪渎案被通缉并潜逃海外的台湾前国家安全局出纳组长刘冠军提供了一份相关公文，指称国安局有高达三十六亿元的秘密经费。这笔钱是前国安局长殷宗文于1994年在前总统李登辉的授意下，用历年节余经费设立了奉天专案和当阳专案两项基金。由于相关经费运用不受任何法定监督，这些秘密帐户演变成为李登辉的小金库，从事包括务实外交、两国论研究等各种台面下的活动。
报导曝光后，原本也要刊载相关内容的[壹周刊]杂志3月20号清晨受到检调单位的检查。国安局说，将对[中国时报]采取行动。国安局长蔡朝明召开记者会，强调国家元首使用特殊手段争取国家安全是天经地义的事，国安机构在法定职责内使用预算，古今中外都一样。他还呼吁各界共同谴责少数媒体枉顾国家安全的做为。[壹周刊]指责高检署危害新闻自由，没有理由搜查和禁止出刊。[壹周刊]说，国安局说法是扣帽子，因为国家安全应该以合法作为基础。
而因刘冠军案所衍生的秘密帐户疑云引发立法院的关切，民进党立法院党团指媒体刊登的资料是犯罪集团的反扑，高度质疑内容的真实性。民进党党团总召集人柯建铭强调，希望藉此能为国家情报法、情报监督法、情报委员会催生。他说：“国家安全体系的建置化很重要，所以我们赞成国家安全体系整个能法制化，制度化。”
* 秘密经费用于提升台湾地位 *
国民党立法院党团书记长林益世表示，由于这个案子未来可能影响国家安全，因此，他要求行政院立即组成危机处理小组，将全案查明后到立法院报告，以还给社会大众一个合理的交代。亲民党立法院党团总召集人李庆安也要求成立特种调查委员会进行调查，并要求陈水扁总统到立法院报告相关事宜。 立法院长王金平表示，立法院将会要求相关单位改进，另外也将成立一个文件调阅小组，并监督诸如此类的秘密预算。不过他说，如何在监督与不妨害外交运作之间取得一个平衡点是大家要面对的严肃课题。王金平说：“为国家的利益，国家的安全，我们应该给总统若干的权力和运作的空间，一些专案事涉敏感，事关国家外交的互动关系，如果不严谨处理，对外交上的伤害很大。”
[中国时报]报导，台湾一些外交事务必须在台面下进行，因此在国家安全局的秘密经费当中，推动对外关系也是一个重要的部分。有消息说，为了延长当年台湾与南非的邦交，前总统李登辉曾同意给南非一千一百万美元，这笔钱就先由国安局代外交部垫支。在循不同管道推动对外关系、提升台湾国际地位的许多专案研究等方面，国安局也经常从秘密专案帐户中给以资助。 前外交部长章孝严表示，他在外长任内的确曾感受国安局在协助推动外交工作中扮演的角色。另一位前外长胡志强对此事没有否认，但表示一个政务官离职后，不便对机密及最机密事项加以评论。
台湾总统陈水扁在参加国防大学庆祝大会时指出，近年来台湾整个国防体系发生了一些令人遗憾的事件，显示国防管理机制确实有疏失，国家安全体系还是有漏洞，少数人的风纪与忠诚行为，严重损害了大家的荣誉，影响了大家的士气，也危害了台湾的安全。
