台湾军情局的机密外泄案，不仅撼动了台北政坛，也引发了在野党之间的护主战争。
针对台湾检调单位大举搜索《壹周刊》引发了各界哗然。台湾行政院长游锡方方土星期五在立法院表示支持法务部的搜索行动，他说个人自由不能不顾公共利益及国家安全，因此，政府在处理上已经兼顾国家安全与言论自由，而对于国安局秘密专户问题，他还表示，行政院将清查各部会是否有秘密专户，并在二十天内提出报告。
与此同时，立法院长王金平还宣布，朝野党派协商决定将组成国家安全局预算外秘密帐户调阅委员会，各政党代表的比例是民进党九人、国民党七人、亲民党五人及台联两人。不过，王金平表示他无法预期这个委员会何时能够组成。
*台联亲民护主大战*
另一方面，国安局秘密专户泄密事件也成了台联党和亲民党之间的护主大战，以前总统李登辉为精神领袖的台联党立委许登宫指控亲民党主席宋楚瑜是这个泄密案幕后的藏镜人，他说宋楚瑜曾经和潜逃海外的国安局官员刘冠军见过面。
许登宫：刘冠军并没有受到中国羁押，这是亲民党当时提供的。国安局证实他现在人在美国，在美国期间，曾经和宋楚瑜接触，宋楚瑜应对本案对社会有个交代。
许登宫还指出，亲民党将资料给了《壹周刊》，宋楚瑜还召开了内部秘密会议然后将这个事件暴露出来。许登宫：本星期二晚上，宋主席曾经邀请周锡伟委员，李庆安委员商讨这个问题，不但知情，本案也是宋楚瑜在主导。
不过亲民党立委李庆安对此提出反驳，也希望台联不要模糊追查的焦点。李庆安：本人从主席回国到现在，只有他下飞机那一天，前去报告党团事务，从此再未和主席见过任何一面，请问台联的同仁，他们是在哪里看到我和宋楚瑜见面。
*台湾大陆工作造成困扰*
此外，有关国安局秘密资料外泄，对台湾外交处境和国际合作关系的影响会有多大？国安会的官员表示国安会秘书长邱义仁已经组成一个危机处理专案小组，并定期开会；这位官员强调，这件事情真的很严重、并且是用很沉重的心情处理善后。他还担心，要压下已经外流但是尚未曝光的秘密资料恐怕很困难。
台湾外交部长简又新表示，目前接获外馆非正式的讯息，某些地区的确因为这件事情受到波及，某些国际友人对台湾的信任受到影响，如果要再安排双方接触，可能会比较困难。陆委会副主委陈明通还表示，如果泄密案有关讯息是正确的话，将对台湾政府的大陆工作造成困扰。陈明通强调，这个案子绝对不是一个小事情，可能会对整个情资收集及政府相关政策的研判造成影响。
