2002年，东南亚国家被地区恐怖主义的阴影所笼罩。10月12日，在印尼的著名度假胜地巴厘岛上两个西方人士聚集的酒吧以及附近地区发生了多起炸弹爆炸事件，将近两百人丧生，其中有88名澳大利亚人。
这起发生在去年911事件后一年一个月零一天的恐怖袭击事件就象是一片受到核辐射的阴云，给东南亚地区的经济复苏、民权、宗教宽容以及这个地区与世界其它国家的关系带来了深远的影响。如果说巴厘岛爆炸事件之前东南亚地区隐隐约约感受到了恐怖主义袭击之苦，那么2002年10月12日之后，东南亚国家深刻地体验到了恐怖活动可能带来的巨大灾难。直到今天，东南亚不少国家的旅游业在伤了元气之后仍在挣扎恢复之中。
东南亚地区对地区恐怖主义组织比较暧昧的印尼在巨大的国际压力之下允许澳大利亚情报与警察部门的官员协助恐怖袭击的侦破工作。澳大利亚与印尼两国在2002年2月份签署的反恐备忘录也派上了重要用场。澳大利亚总理霍华德在事发之后表示：”恐怖袭击事件可能在任何时间触动任何人。这起事件给我们带来的警告就是反恐战争必须继续下去，各国一定要坚持不懈，丝毫不能含糊。”
* 经济低谷 *
[穆斯林祈祷团]这个地区极端穆斯林组织被怀疑一手策划了这起震惊世界的恐怖袭击事件。被指控为该组织精神领袖的巴希尔以及其他多名恐怖嫌疑人被警方扣押。地区反恐专家指出，巴厘岛的爆炸声终于唤醒了对恐怖主义组织无动于衷的梅加瓦蒂政府。然而，印尼在旅游与外国投资上受到的影响致使经济再度走进了一个低谷。
马来西亚和新加坡在2002年逮捕了几十名被怀疑与极端恐怖组织有联系的人。自从2001年到目前为止，马来西亚已经以内部安全法为由逮捕了70多名恐怖嫌疑人，并将他们在未经审判的情况之下无限期关押。马来西亚总理马哈蒂尔表示，大多数被捕的恐怖嫌疑人都参加过在阿富汗的反击前苏联入侵的战斗。在邻国新加坡，政府也对极端伊斯兰组织的渗透感到格外的担忧与关切。
在有全球反恐第二战场之称的菲律宾，美军顾问帮助指导菲律宾军人如何镇压阿布沙耶夫游击队。分析家认为，美国五角大楼的真正目的其实并不只是帮助歼灭这股游击队，而是要在这里寻找一个可以立足的新型补给基地。
多少个月来一直否认遭到地区恐怖分子渗透的泰国在2002年后半年首次承认穆斯林祈祷团的主要成员曾经访问过该国，地区恐怖主义网络在泰国也存在。东南亚各国在11月份于柬普寨首都金边举行的东盟年度领袖峰会上一方面决定进一步加强反恐合作，但是另一方面，他们对西方国家纷纷发出旅行警告，告诫民众不要到访东南亚而感到气愤。
* 内部分歧 *
澳大利亚总理霍华德提出的会以先发制人的战略对策来对付东南亚地区恐怖主义威胁的讲话引来了几乎所有东盟大国领袖的强烈抨击。印尼外交部发言人说：“雅加达认为这番讲话令人无法接受。我们无法苟同霍华德总理所提出的先发制人的观点。”
在菲律宾首都，示威者在澳大利亚大使馆前游行抗议。一位示威者表示：“霍华德总理没有权力派遣部队到菲律宾来。”多少年来，对澳大利亚的外交政策以及行动持批评态度而又敢言的马来西亚总理马哈蒂尔指责堪培拉在对待亚洲邻国上，一向高傲自大。他说：“澳大利亚试图把欧洲的价值观强加在亚洲国家身上。”
虽然美国和日本公开出来支持堪培拉的这一类似于华盛顿布什行政当局的立场，但是霍华德总理最终还是软了下来，低调处理了他的这番颇具争议的讲话。
在2002年，东南亚联盟主要成员国马来西亚还看到了在位21年之久的亚洲最为资深的领导人马哈蒂尔的辞职演讲。马哈蒂尔6月份在执政党巫统年会上出人意料的辞职在马来西亚引发了一场政治危机。在执政党内人士的极力劝阻之下，马哈蒂尔总理最终决定在2003年10月正式引退，目前担任副总理的巴达维将会接任他的职务。分析家认为，马来西亚的一个政治纪元即将结束。现在被关押的前总理安华的妻子阿齐兹呼吁巴达维能纠正即将过去的马哈蒂尔时代所犯下的错误。她说：“她希望即将成为总理的现任副总理巴达维利用这个机会， 以纠正以前发生的不公正的案件。”安华2002年的上诉案以失败告终，他似乎已经走完了马来西亚的所有司法程序。
* 民主曙光 *
在东南亚的民主进程方面，印尼在2002年8月通过法案，未来的总统将由民众直接选举产生，同时军队和警察将会交出所有目前手中掌握的国会议席。前独裁者苏哈托的小儿子汤米被法庭判处15年徒刑。9月份，印尼议会议长阿巴丹戎因受贿罪成立而被判三年徒刑。
在缅甸，被软禁18个月的亲民主领袖昂山素季5月6日被军政府释放。获释后不久，昂山素季对支持者表示，希望民主的曙光将会很快地到来。7个月过去了，昂山素姬和她的支持者还没有看到民主的曙光。在柬埔寨，审判前红色高棉领袖的法庭仍然没有着落。两百万无辜的受害者到今天还没法讨回一个公道。
