非典型肺炎疫情在台湾继续发展，台湾卫生署也加强严密监控，卫生官员甚至警告，如果没有做好防疫，台湾可能会有更多人遭到感染 。
台湾爆发非典型肺炎疫情之后，尽管目前并没有出现死亡病例，不过星期二，一名疑似患者一度传出病危，根据卫生署公布的最新病例数字显示，目前全台通报的病例已经达到了76例，可能病例仍然是13例、疑似病例有11例，卫生署并且还发出了573份的居家隔离通知书，对于这种如临大敌般的防疫方式，卫生署疾病管制局长陈再晋警告，因为造成非典型肺炎的是新变种的病毒，所有人都没有抵抗力，如果没有做好防疫，台湾可能会有上千万人遭到感染 。
陈再晋还说，自从疫情爆发之后，全世界都想找出致病原，而从病患身上抽血的检体很难有结果，因此仍然要从病患的喉头检体进行检验，目前几乎都确定非典型肺炎是冠状病毒突变种所导致的，
它可能是在牛和猪身上会造成肠胃炎的冠状病毒，和在鸡、鸭和人会造成呼吸道症状病毒的一个重组，所以到台湾的个案，有9个完整纪录的个案，有8个都有拉肚子，我们的病人90%都有咳嗽的症状，所以很可以推论，就是这两种症状病毒组合而成。
*不能排除空气传染*
陈再晋还表示，如果把冠状病毒突变种归类为爱滋病这类严重的病毒，似乎还稍嫌太早，不过，也不能当做一般感冒的病毒来看待，此外，卫生署也考虑积极研制免疫球蛋白，甚至疫苗，用来治疗急性期的病人，以及做为预防之用。他说：因为这些出院的人，身体都还满虚弱的，在这个阶段采他们的血液的话作为治疗的来源，是不太人道的做法，倒是如果他们的血液采的量不多，可以假设他们的血液有抗体，我们拿他们的血液来测量新的病人的检体里是否有抗原，那是一个很好的思考方向。
不过，陈再晋也呼吁，如果大家加强防疫，就不会有那么多人遭受感染，即使遭到感染，也会因为个人健康情况和身体抵抗力不同，只有部份人会恶化成肺炎，或少数人死亡，因此大家不用太紧张。
可是一般民众对于传染的途径仍然相当担心，台大医学院感染科名誉教授谢维铨表示，非典型肺炎大多是近距离的感染，因此飞沫传染的可能性居多，但是透过空气传染的情形也不能排除，因为如果病毒的浓度够高，就有可能透过空气传染。卫生署举行的专家会议还指出，台湾患者的潜伏期大约为7至8天，比世界卫生组织公布的3至7天要来得长，专家认为，这种情形可能造成台湾疫情会延烧至五月中旬，如此一来，也增加了防疫上的困难。
