台湾公投争议引发朝野矛盾持续扩大，行政院有意透过行政命令推动公投，不过，国民党则批评这种做法是无视立法院的存在。
尽管台湾民进党政府有意推动公民投票，不过在野党一再强调，应该透过现有的创制复决法。但是，民进党立法院党团干事长陈其迈星期二指出，公民投票实施要点属于行政规则，不涉及人民权利义务的事项，只要行政院订定就可以了，不须要送交立法院备查。
行政院长游锡坤(方方土)还指出，这样做的目的是要在公投法还没完成之前，让朝野共识有所依据：“公投立法，朝野渐渐有共识了，在野党已经要把它列为下会期的优先法案，所以也可以稍微考虑一下，等到我们草拟的要点配套整个出来以后，再和大家讨论这件事情。”
游锡坤还强调，行政院的公民投票实施要点，绝对会在符合宪法又不违法的前提下推动，至于公投的确切时间，他说，将来还须要经过朝野协商取得共识之后才会进行，相关细节还在研议当中。
*国民党称行政院无视立法院*
不过，另一方面，国民党立法院党团书记长刘政鸿则说，行政院有意以行政命令执行公民投票，是无视于立法院的存在，也是行政院独大的表现。 刘政鸿还表示，行政、立法两院应该相互尊重，行政院不应该在没有法源那疤嵯虑啃泄�投。他说，就算公投立法，国民党也主张核四工程及高速铁路等政府出资兴建的重大建设，不得以公投议决停建，以避免社会资源的浪费�?
国民党发言人蔡正元更指出，行政院如果要一意孤行，将遭到人民的唾弃：“如果行政院要违背法律，违背大法官的解释，硬干到底，这样的政府可能不是我们所乐意看到的政府，也许他认为在野党未可如何，但是，我相信这是迎接第二次政党轮替之前的炮声。”
国民党和亲民党立法院党团将于下会期联手提出“公民投票创制复决法”草案，主张在不违反宪法的前提下，人民可透过公投处理民生和经济议题，但是公投的行使应该和总统大选脱钩。 国民党中央政策会执行长曾永权还强调，公投并没有宪法地位，宪法只赋予人民创制复决权，国民党支持的公投是创制复决，而不是民进党鼓吹的民粹式公投。
台北市长马英九也表示，他不知道行政院将推动的“谘询性公投”是什么，不过，他认为一度停工又复工的核四工程并不适合做为公投的议题，因为政府早就已经做了决定。他也指出，政府如果要举行公投，一定要有法源依据，否则台北市选举委员会将无法配合。
