在台湾举行了总统选举和公投之后，中国当局做出了相对低调的反应。北京还否认了有关中国人民解放军提升了战备状态的说法。
*密切关注*
中国当局对台湾的总统选举和公投进行了密切的关注，但是没有在公开场合发表过多的言论。在公投结果揭晓之后，负责台湾事务的中共中央台湾工作办公室和国务院台湾事务办公室发表了一份声明，表示台湾当局执意举行公投，试图挑拨两岸关系并分裂国家，公投结果无效的事实证明，这一非法行径不得人心。声明说，任何把台湾从中国分割出去的企图都是注定要失败的。对于台湾的选举所出现的争议，国务院台办表示正密切关注事态的发展。
*否认军队提升战备状态*
香港南华早报援引大陆消息人士的话说，中国下令军队处于战斗戒备，并且做好一旦台湾岛上的选举争端激化将对台湾进行打击的准备。不过，中国国防部的一位发言人星期一表示，中国人民解放军没有由于台湾的总统选举而改变其戒备状态。这位发言人在回答路透社记者有关解放军是否提升了战备状态的问题时说，他没有听说军方接到改变戒备状态的命令。这位发言人没有对南华早报的报导做出更多的评论。
该报还说，中国国家主席胡锦涛可以根据新修正的宪法而在台湾问题上宣布紧急状态，从而为军事行动铺平道路。报导说，这个命令是在星期六发布的。北京还下令东南沿海的福建、广东和浙江省的政府部门增加执勤的政府官员。这些消息人士说，北京领导人在台湾不断变化的危机上采取预防措施是很正常的。
*表示为“最坏情况”做准备*
不过路透社援引中国军方消息人士的话说，尽管中国的战略部署在照常进行，但是没有很快会发动袭击的迹象。一位消息人士说，“我们处在正常的戒备状态，但是我们正在为最坏的情况做准备。”他指的是北京一贯反对的台湾独立。
分析人士说，陈水扁的再次当选使中国担心，他在第二个也是最后一个四年总统任期内会坚决推动台湾独立。北京还特别担心陈水扁会在两年内举行有关新宪法的全民公投，使台湾半个世纪来的非正式独立地位得以正式化。
*台湾选举对香港影响*
台湾的选举争议也对香港的政局带来震荡。亲中国的香港政界人士星期一以台湾选举后出现的动荡为例警告香港居民说，过快地进行普选只会导致混乱。
不过，华尔街日报的报导认为，倾向独立的陈水扁的再次当选以及香港日益高涨的民主运动使北京处于守势。
