面对迟迟无法在立法院过关的军购案，台湾行政院决定撤回原案，以在野党同意的方式编列预算。学者认为，此举将有助于朝野的磨合，让法案比较能顺利通过。
台湾行政院长谢长廷星期三表示，由于军购案特别条例草案在立法院一直无法通过，已经对国家安全造成影响，所以行政院决定不坚持原案，应立法院的要求，将爱国者三型导弹的1千多亿台币金额，由特别预算改列为年度预算。
谢长廷说：“你(立法院)要删，要怎么样，总是要有一个结论吗！因为在像美国或是其他国家，很难想像我们国会怎么一直拖，怎么都不能过，我很难去解释这个。”
行政院发言人卓荣泰解释，军购案原来列举的3项采购当中，爱国者三型导弹的1千多亿台币，改列为年度预算之后，总数4千8百亿的军购特别预算，未来将降到3 千多亿，希望能获得立法院的支持。
*民进党促在野党善意回应*
民进党立法院党团干事长赖清德表示，行政院是为回应在野党的要求，才将军购条例草案撤回，调整之后重新提出的方案，希望能得到在野党的善意回应。
在野党的国民党中央政策会执行长曾永权表示，行政院终于重视民意的声音，愿意将3项军购当中的爱国者三型导弹系统改编入年度预算，证明在野党秉持监督职责为军购案把关，获得了人民的支持。
亲民党立法院党团副总召集人孙大千也表示，同意在立法院下个会期于国防委员会当中进行实质审查，但是不代表亲民党就一定会同意这笔预算。
*学者：双方妥协空间加大*
高等政策研究协会执行长杨念祖教授认为，面对军购案的僵局，执政党做了妥协，在野党也基本上表示同意，接下来，双方在立法院的运作将相当重要。
他说：“虽然反对党对于特别预算还有不同的声音，因为比如潜舰的部份，但是，在这样的一个结构之下，就彼此有空间去磨合。换句话说，撤回原来的军购预算，然后以今天修正的预算送进去以后，在野党和执政党之间磨合的空间就比较大了，对于将来达成妥协的机会也比先前要多一点。”
*扁政府促朝野和解*
不过，立场接近执政党的台联党立法院党团则表示，这项预算编列的改变，必须保证不会排挤一般军事预算和其他重大的民生法案，如此台联党才会支持。
总统府秘书长游锡堃还呼吁指出，陈水扁总统推动朝野和解、政党合作的政策一直没变，希望和在野党领袖会面，谈的也是国家安全、民生或是预算等问题，希望大家都能站在制高点上，思考如何让台湾更好。
