为了预防禽流感可能爆发的危机，台湾总统陈水扁星期一再度召开国家安全高层会议，就相关议题进行讨论并提出对策。
台湾总统陈水扁表示，中国即将于2008 年主办奥运，所以对其近来内部出现的禽流感疫情可能有所隐瞒，再加上中国的打压，台湾无法加入世界卫生组织，因此台湾在禽流感的防疫上，可说是深陷极端的危险边缘。
台湾海巡署在10月14 号查获了1 千多只从大陆走私来的禽鸟，虽然感染的鸟类已经被销毁，不过令人担心的是，是否有其他来自于中国感染的鸟类没有被查获并进入了台湾。
*陈水扁呼吁共同监测中国疫情*
陈水扁呼吁，国际社会应该共同监测中国禽流感疫情的发展，务必使疫情通报迅速、完全透明，以避免全球联防网络出现漏洞。
陈水扁还提到，意大利养殖业因为禽流感引发了非理性的恐慌，导致全国性的罢工抗议，可见过度恐慌或是戒慎不足都不好，他对于台湾教育部近来要求学生进入校园就必需量体温的做法持保留看法。陈水扁说：“教育部宣布现阶段学生每天量体温作法，也值得商榷，应加强文宣，尽速导入正轨，务期做到知禽知病、毋恐毋慌，以安定国内人心。”
不过，陈水扁强调，对外应该积极主动争取加入全球联防网络。对内，从中央到地方，应该不断检视防疫分工、物资储备、军警支援、入出境检疫、走私查缉等。他说：“应即研究修正相关法规，提高违法走私的刑责，以达吓阻之效。”
*行政院拨款200亿台币*
这项会议当中还讨论了克流感(达菲)疫苗的取得问题。台湾卫生署指出，在克流感安全存量不足的情况下，会以国家紧急情况为由，立即向智慧财产局提出强制授权的申请，以便能迅速的在台湾生产制造。
台湾行政院将提出200亿元台币的特别预算，进行禽流感防治的工作。这项预算经行政院定案之后，将送交立法院审议，陈水扁总统星期一也特别邀请立法院长王金平参与会议，寻求支持。
值得一提的是，台湾在全球防治禽流感方面，国际风险评比公司评估之后的结果显示，台湾仅次于日本、澳洲，排名世界第三。
