国民党在台湾九合一选举中惨败后，台湾总统马英九引咎辞去他兼任的国民党主席职务。马英九政府推行的两岸政策被认为是导致此次国民党选举失利的一个重要原因，甚至有人将此次地方选举视作民众对马英九推动与中国大陆加速整合政策进行的意见公投。
尽管有分析认为，不应将此次以地方议题为主的选举简单视作是对马英九两岸政策的公投，但国民党大面积败选不能不引发该党，以及担任党主席的马英九对其政策作出检讨。
不论选举是否如一些分析所说的，反映出民众对马英九推动两岸整合所做的评判，马英九在余下任期内要继续推动两岸整合，步伐则会放慢。国民党失利，加之不再任党主席职务，马英九未来不可能像从前那样有效地推进自己的政策。
2008年马英九就任总统，两岸在经过了数十年的相互敌对后，经贸关系开始迅速发展。但是，台湾民众则越来越担心马英九的两岸政策将导致台湾在经济上过度依赖中国大陆。今年3月，台湾爆发大规模抗议活动，反对通过两岸服贸协定。台湾的立法院也史无前例地被占领。另一方面，中国政府处理香港事务的做法也让台湾人更具戒心。今年10月，许多年轻人聚集在台北自由广场，支持香港人为争取特首普选而发起的占中运动。
