伊朗选民必须进行决选投票，以决定在星期五的选举中得票最高的两名候选人中，谁将成为伊朗总统。第一轮投票令人意想不到的结果引发了争议。
伊朗前总统拉夫桑贾尼没有能够一下子赢得总统选举。但是他获得的选票保证他成为决选中的两名候选人之一。不过，他在决选中要面对的对手则成为这次选举中的一大意外。
*第二名出人意料，第三名指控做弊*
在选举前并没有被视为主要竞争者的强硬、保守的德黑兰市长马哈茂德·艾哈迈迪内贾德令人意外地击败对手，侥幸获得第二位，进入决选。
但是得票位居第三的改革派教士迈赫迪·卡鲁比对这个结果提出挑战。他对伊朗选举发出前所未有的公开抨击，指责艾哈迈迪内贾德的支持者在选举中舞弊、行贿。他要求对此进行调查。
当艾哈迈迪内贾德在一次新闻发布会上被问及卡鲁比的指控时，他表示不予理睬。他说，伊朗是个自由的国家，卡鲁比有权发表他的意见。
当伊朗内政部官员星期六在德黑兰忙碌的选举中心总部内清点选票时，争议就开始酝酿了。
*谁是真正的第二？*
伊朗内政部一整天不断公布点票结果，显示卡鲁比以微弱多数位居第二。但是，负责筛选候选人并且监督选举进程、由未经选举产生的强硬派宗教人士组成的伊朗宪法监护委员会先后几次公布该委员会的数字，声称德黑兰市长艾哈迈迪·内贾德位居第二名。
即将卸任的伊朗总统哈塔米说，根据法律，只有伊朗内政部的数字才是正式的官方数字。
最后，内政部的正式计票结果表明，艾哈迈迪·内贾德获得第二名，参加决选。
艾哈迈迪-内贾德说，伊朗宪法监护委员会和内政部共同保证了一场干净的选举。
改革派对他们支持的候选人莫恩在选举中表现不佳深表失望。他在七个候选人当中名列第五。
*投票率62%*
这次选举的投票率很高，高达62%左右。而四年前的总统大选的投票率只有51%。参加选举的候选人都表示，选民投票率高是对那些号召抵制选举的人的一个打击。也是对美国总统布什的回应。布什在伊朗选举前批评伊朗选举是不民主的选举。一些选民和候选人说，布什的话是选民投票率高的部分原因。
