北京对于美国批评中国对待一些宗教组织的做法做出愤怒反应。中国说，美国国务院2001年度国际宗教自由报告毫无事实根据，而且有可能伤害华盛顿与北京之间的关系。
中国外交部发言人孙玉玺说，美国国务院2001年度国际宗教自由报告是对国际法的粗暴践踏。孙玉玺在记者招待会上通过翻译说，美国应该管好自己的事情，停止不负责任的指责。孙玉玺通过翻译说：�我们对此表示强烈不满和坚决反对。我们保护公民宗教信仰自由。与此同时，我们禁止任何组织和个人以宗教名义从事违法犯罪活动。�
美国国务院发表的2001年度国际宗教自由报告说，中国政府过去一年加强了对法轮功以及类似的精神运动组织的镇压。中国政府将那些组织称为邪教。美国国务院发表的2001年度国际宗教自由报告说，自从1999年以来，中国有100多名法轮功信众在拘禁中死亡。宗教自由报告指出中国在西藏对宗教组织实行高压政策。报告说，中国政府在许多地方镇压没有登记的教会、寺庙以及清真寺，有时甚至捣毁宗教建筑。
不过，美国国务院国际宗教自由报告也注意到过去一年中，中国官方停止了对中国南方的一些地下天主教会和基督教会的迫害。报告说，中国政府在镇压非政府控制的宗教组织的同时，在一些政府允许的场所也允许一些非政治的活动相对自由地进行。
上个星期罗马天主教教皇约翰-保罗二世为殖民时代传教士的所有错误行为向中国人民道歉之后，中国政府称教皇的行动是积极的，但是，中国表示这还不足以使梵蒂冈与北京恢复外交关系。