香港媒体报导，陈水扁以民进党主席的身份为该党台北市长候选人李应元竞选时以
“香港脚”来讽刺在香港出生的现任台北市长马英九，暗示马英九有可能出卖台湾，实行香港模式的[一国两制]。
陈水扁说，李应元一路走来始终如一，用台湾脚走路，没有香港脚，不会走香港路。马英九的回应是：国家元首应该团结2300万人民，不应该提出族群区分，造成份裂。52岁的马英九生于香港，出生后不久随父母定居台湾。陈水扁的[香港脚]言论在香港引起反弹，因为马英九在香港出生，香港人把他看成老乡。马英九曾经访问过香港，一出现在街头就被人群和记者包围。这股马英九旋风使得香港出现了一个说法，说马英九如果竞选香港行政长官一定能当选。
曾经担任过台湾驻港新闻机构[光华新闻文化中心]主任的江素惠说：“陈水扁总统的口才很好，讲话也有幽默感，但是他这次用香港脚来比喻恐怕有反效果，因为香港有600多万市民，如果把在香港出生都说成香港脚，他们一定会不舒服，甚至提出抗议。人们选举主要是看这个人的脑袋，这个人是否有理想，是否开放，如果以脚作为选举的标准是很奇怪的。如果今天的台湾政治文化是这么注重脚的话，那么已经有那么多的台商都以脚来投票，台商的脚都走向大陆，这将如何解释？“
香港凤凰电视台政治评论员阮次山说，陈水扁以香港脚这种粗俗的话来讽刺马英九并不奇怪，他是有意这么说，也经常说粗俗的话，因为他要以此来讨好台湾中南部选民。阮次山说：“陈水扁以香港脚说马英九，他的含义就是说马英九取悦大陆。这种说法一方面显示陈水扁刻薄，一方面也显示陈水扁和民进党选举文化的低俗。”
香港民主党籍的立法会议员涂谨申说：“我们并不觉得陈水扁的香港脚论是侮辱香港人，这是国民党和民进党之争。他们如何说自己能代表台湾人的利益，这是他们之间的事。”