日本政府对北韩船只在中东地区偷运飞毛腿导弹一事表示遗憾，并认为如果确有此事，可能要把北韩导弹问题列入日本与北韩的邦交谈判议题之中。
日本内阁官方长官福田康夫星期三在例行记者会上就北韩船只在也门海域被查获装载导弹一事表示，日本同北韩在邦交谈判中，正在协商安保和绑架日本人问题，如果北韩的船只装载导弹的报导得到确认，邦交谈判就需要讨论这个问题。日本首相小泉纯一郎表示，要在邦交谈判中敦促北韩停止武器扩散。但是小泉不想把此事同两国的邦交谈判挂钩，从而显示，他不认为北韩船只装载导弹事件会影响日本同北韩的邦交谈判。
日本军事分析家认为，北韩此次行动有两个目的，一是不想放弃作为外汇重要来源的导弹出口，同时是想以此同美国在导弹出口问题上讨价还价。日本附近海域长期受到北韩可疑船只的骚扰。一年前，日本追捕一艘可疑船只，双方发生交火后，可疑船只沉没，船员全部丧生。经过近一年调查，已经查明该船是北韩船只，其目的很有可能是在海上进行毒品交易。
另据报导，日本政府打算在新年度预算中大幅增加应对可疑船只的经费。日本经济新闻报导，政府打算拨出400亿日元，用于配备高性能雷达和红外线搜寻监视装置以及为巡逻舰部署机关炮等重武器。尽管今年9月日本与北韩首次高峰会谈中北韩承诺不会再度发生类似事件，但是日本并没有因此而高枕无忧。 日本同北韩的邦交谈判自今年10月重开以后，双方在绑架日本人问题上出现分歧，使谈判再度陷入僵局。