巴基斯坦第一次承认，有些在邻国阿富汗的反政府活动是从巴基斯坦领土上发起的。
巴基斯坦总统穆沙拉夫在伊斯兰堡的国防大学对高级军官演说时表示，巴基斯坦正采取步骤防止阿富汗反叛分子从巴基斯坦的领土进入阿富汗发动袭击。穆沙拉夫说：“当然了，并不是那里所有的袭击活动都来自巴基斯坦。但是显然一些袭击是来自巴基斯坦。我们不要欺骗自己。从现在起我们必须阻止所有从巴基斯坦发起的袭击，这就是我们要努力的目标。”
作为美国反恐战争的亲密盟友，巴基斯坦在它和阿富汗间多山而且容易被渗透的边界地区部署了将近七万人的部队，以防阻反叛分子活动。
但是阿富汗当局和美国军事官员总是抱怨，阿富汗被推翻的塔利班成员以及基地恐怖组织残余分子仍然能够利用巴基斯坦边界地区发起在阿富汗境内的袭击。
过去，巴基斯坦官员总是反驳这种说法。穆沙拉夫是头一位承认存在这种现象的巴基斯坦领导人。穆沙拉夫总统说，必须铲除塔利班和基地组织武装分子，因为这些人有他们自己的事业，和巴基斯坦以及伊斯兰都没有关系。穆沙拉夫说：“如果和我们无关，那他们为什么要利用而且错误的利用我们的领土来进行他们自己的事业呢？去别的国家吧。离开巴基斯坦吧。我们不容许他们待在这儿。所以，我们全体必须行动起来终止基地组织和任何团体从巴基斯坦土地上发动袭击。”
阿富汗南部及东南部和巴基斯坦交界地区的当地和外国目标经常遭到袭击。由美国领导的一万两千多人的多国反恐部队一直在追剿这些武装分子。今年早些时候，美军还宣布将发起一次春季攻势，打击阿富汗境内的伊斯兰反叛分子。