台湾大选引发的争议余波未尽。国亲阵营在选后质疑20万军警无法投票。台湾行政院和警政署则说，军警并没有被剥夺投票权。
台湾国民党和亲民党竞选方日前指责陈水扁遭到枪击后，因为启动国安机制，导致20万军警无法投票。而台湾行政院在22号晚间召开新闻会，强调启动国安机制仅动用1万3千人的战备兵力。行政院说，泛蓝的指控是谣言。
台湾警政署星期二上午也表示，这次大选警政署事先规划近7万名警察投入选举治安维护工作，员警投票的权利完全没有受到因枪击总统案启动国安机制的影响。警政署说，留守员警没有被剥夺投票权，他们还是可以利用轮班空档或事先把户籍迁至机关，完成投票。但是警政署说，因为没有数据调查报告，该署并不知道到底有多少警察没有投票。
泛蓝候选人在3月20日大选后，对选举提出置疑，提出重新点票、要求正副总统验伤、以及质疑大量军警人员因为启动国安机制而无法投票。泛蓝阵营认为，传统上，这些军警中大多数会投国亲候选人的票。
行政院就连宋目前提出选举无效的诉讼表示，该诉讼不会影响总统在5月20日就职。