台湾总统陈水扁在他元旦贺词中强调要“坚持台湾的主体意识”，并表示，台湾“并不隶属于中华人民共和国”。陈水扁说，他将继续追求政治改革，并呼吁强化台湾的防卫能力。陈水扁说，有可能在明年就新宪法举行全民公投。
陈水扁在元旦贺词中说，“台湾的前途只有2千3百万台湾人民才有权决定”。台湾岛和中国大陆在1949年因内战而分裂。中国一再警告台湾不要采取任何走向独立的步骤。北京认为台湾是中国有待统一的地区，而且如果有必要，不惜以武力实现统一。
陈水扁以及立场倾向台独的民进党5年前执政，台湾与北京的关系由此恶化。