一份美国司法部的报告说，联邦调查局一些特工人员对其他美国部门在审讯恐怖分子嫌疑人时使用的有争议的审讯手段表示担忧。美国司法部星期二公布的报告描述说，美国联邦调查局和军方以及中央情报局在阿富汗、伊拉克以及古巴的关塔那摩湾使用的审讯方式经常发生冲突。
报告说，美国联邦调查局表示担忧的有问题的审讯手段包括让狗对受审者咆哮和强迫嫌疑人脱光衣服等等。这份报告赞扬联邦调查局特工避免参与虐待囚犯。但是报告指责有关部门没有为特工人员提供明确的指导，告诉他们如何应付使用不同规则的审讯者。
有一次，不同的美国政府机构在如何对待基地组织高级领导人阿布.祖拜达问题上发生冲突。中情局已证实对他和另外两名被拘留者使用了模拟溺水的审讯手段。