中国否认了两个国际人权组织关于中国正在大范围镇压穆斯林少数民族的的指控。这两个组织说，北京政府以反恐为借口镇压新疆的维吾尔族人。
*人权组织：严密控制新疆宗教活动*
人权观察和中国人权在一份联合报告中指控北京政府有系统地限制8百万穆斯林少数民族信仰宗教的方式 。
这份根据中国政府的文件和采访撰写的报告指出，中国政府当局严密控制蕴藏丰富石油的新疆地区的宗教活动， 包括审批伊斯兰神职人员和清真寺的管理。报告还说，中国当局还限定宗教节日的庆祝方式、可兰经的使用版本，并且限制维吾尔族学生在学校的宗教服饰。
*秦刚：新疆人民享有宗教信仰自由*
但是中国外交部发言人秦刚星期二说：“新疆各族人民依照宪法享有包括宗教信仰自由在内的全部的公民权利。”
*贝克兰：认为宗教威胁国家统一*
人权组织说，北京在全球反恐的幌子下，加强了对说土耳其语的维吾尔族人的打压，指控他们中的一些人是恐怖分子。
中国人权的研究主任贝克兰说，北京镇压伊斯兰教徒是因为害怕他们会变成维吾尔分离主义力量。
他说：“中国把伊斯兰教和其它宗教看成是鉴别种族的标识，而中国政府希望抹煞的正是这一标志，因为他们认为宗教对国家统一构成威胁。”
人权报告还说，未经同意的伊斯兰宗教活动被认为是分离主义活动，触犯者会被逮捕、虐待，甚至被处死。
维吾尔族人长久以来一直反抗中国对新疆的统治。上个世纪90年代，新疆发生了多起示威和爆炸事件。中国政府指责是维吾尔族分离主义者所为。