台湾和日本之间的渔权纠纷演变成为台湾内部对于钓鱼岛主权的争议。台北市长马英九和陈水扁总统之间出现了相互批评的情形。
面对近来台日之间的渔权争议，陈水扁日前和民进党籍县市长以及地方党部主委座谈时指出，主权和渔权应该脱钩处理。他说，护渔是争取渔民的权益，和主权无关，在钓鱼岛的问题上，陈水扁强调，从国民党到民进党执政，一直就没有改变过钓鱼岛属于台湾的立场。
*陈水扁批评“不惜一战”*
针对台北市长马英九认为护渔应该不惜一战，陈水扁则不表认同，他说，很多国家都有领土重叠的问题，但是，不会说不惜一战。他反问，如果护渔要不惜一战，那么，中国制定反分裂法将台湾视为中国的一部份，台湾是否也要不惜一战？陈水扁认为，护渔还是要透过外交谈判才能有效解决。
不过，台北市长马英九星期四则批评陈水扁在钓鱼岛的态度上太过软弱，让人感到很泄气。他说：“我真的很少看到这样一个软弱的总统，面对钓鱼台问题，竟然不敢大声地说钓鱼台是我们中华民国的领土。我想，总统对外代表国家，这是非常重要的意义。为什么面临这样议题的时候，这么软弱呢？”
*马英九辩解不惜一战*
对于曾经谈到不惜一战的说法，马英九解释，目的是要强调台湾不求战，但是也不怕战争。
另一方面，民进党秘书长李逸洋表示，马英九不但刻意曲解陈水扁的谈话，并且还有双重标准：“他对待对我们充满敌意的国家中国，我们看到他相当的软弱，对于日本我们有共同战略利益，竟然用充满敌意来处理，这完全是两套标准。”
李逸洋指出，1990年亚洲杯女子足球赛在台北举行，由于有中国队参加，马英九当时曾经两度下令民众不能带台湾的国旗进场。
*游锡坤称做事不能有勇无谋*
总统府秘书长游锡坤(方方土)还表示。陈水扁身为国家元首，定会全力捍卫主权和领土，但是，做事绝对不能有勇无谋，意气用事，尤其不应该动不动就诉诸武力。
值得一提的是，台湾渔船“载亿渔一号”上个月因为涉嫌越界，被日本查扣，日本冲绳那霸法院星期四宣判，处以大约2万美元的罚款，并放回人、船，这项罚金也创下了最低的纪录。根据了解，过去被日本查扣的台湾渔船，每艘都被处以大约4 万美元的罚款。
台湾海巡署也再次强调，只要有日本渔船进入台湾暂订执法线的海域范围之内从事渔捞作业，就将扣留人、船，如果只是越界而没有捕鱼，则将驱离。