日本对恐怖组织在美国制造的连串惨剧感到震惊、忧虑和愤怒。日本首相小泉纯一郎在日本时间星期三凌晨发表声明，形容美国发生的连串惨剧是恐怖组织极为卑劣、荒谬绝伦的暴行，他称感到绝不能容忍的强烈愤怒，并对美国总统和美国人民致以衷心慰问。
小泉还对美国驻日本大使贝克表示，日本愿意做任何能做到的事。星期三凌晨当这个震惊全球的消息传到日本以后，各大电视台立即开始现场直播，画面上不断重复着纽约世贸中心遭摧毁的前后过程，以及华盛顿美国国防部的受害现场。舆论非常关心的是，这场连串的恐怖活动是哪一个国家、什么组织所为，也对恐怖活动不放过一般平民百姓、格杀勿论感到极大愤慨。
同时，日本政府和舆论也关注和忧虑在美国的众多日本公司和日本人的安危。内阁官方长官福田康夫凌晨召开记者会，表示政府对此的关切：福田康夫说：纽约世贸中心里共有日本公司31家，虽然政府正在努力收集资料，但一时难以把握状况，人数也不能确认。
在忧虑的同时，日本各美军基地星期三凌晨随着美国总统布什宣布戒备，已经全部进入一级戒备状态。日本空中自卫队也增援东京横田美军基地，而东京警视厅也随之进入戒备，到现在为止，日本国内没有发生意外事件，政府也宣布东京股市星期三照常运作。不过日本政府还是在美国大使馆设置了对策本部，以便应付可能发生的事态和处理有关事件。
