世界贸易组织部长会议终于在11号晚间通过台湾的入会案，台湾总统陈水扁就此发表谈话指出，这是台湾加入国际社会的重大里程碑，台湾将会打开新的“世纪之窗”和“世界之窗”。陈水扁重申，两岸既然都是世贸组织一员，更应本着“善意和解、积极合作、永久和平”的精神，相互尊重、平等参与，共同创造两岸人民最大福祉。另一方面，国民党主席连战表示，12年的努力没有白费，但是现在的经济情况和过去已经大不相同，他提醒执政党要做好入会的因应工作。亲民党主席宋楚瑜强调，民进党政府如果想藉由世贸组织架构来解决两岸政治问题，是一厢情愿的，不会获得各会员国的支持。
陈水扁于星期一上午正式发表谈话指出，中华人民共和国的入会，将有助于中国大陆改革开放的深化，进一步走向经济自由化，与全球经济结合，并让海峡对岸人民的生活获得改善与提升：“两岸同时入世贸组织将有助未来经贸关系正常化，让两岸可以在全球多边贸易架构下进行更密切的交往与合作。 ”
*总统府指大陆有小动作*
陈水扁还提醒台湾人民，必须善用加入世贸组织为台湾拓展商机与全球布局所带来的利基，更不能忽视加入世贸组织必然会带来的挑战与冲击。他要求政府部门必须以最快的时间完成各项因应的措施，也要协助民众及企业做好面对国际竞争的准备，积极提升台湾产业的竞争力，把握住这次入会所带来的商机，藉由自由化与全球化的市场动能，完成台湾产业的转型升级，让台湾的经济发展再次起飞，迎向充满希望与机会的新世纪。
而对于两岸先后入会一事，总统府公共事务室主任郭瑶琪还指出，中国大陆在台湾加入世界贸易组织的过程当中：“大、小动作都有”，甚至在台湾入会案通过之前的几个小时，还向部长会议提出一项声明，要求大会以“地区”名义通过台湾入会案，企图矮化台湾，但台湾方面因应得宜与国际的协助，仍得以顺利入会。
*世贸组织不能解决两岸政治问题*
国民党主席连战说：“这一年半以来，台湾整个的经济已经大大的改变，大大的转坏，所以我们现在进入世贸，当时我们曾经作了一些减让，作了一些承诺，分别在各个部门的影响，我们还能不能够承受，如何来因应，我觉得民进党的政府要好好来规划，处理。”
国民党发言人王志刚还说，立法院11月16日举行院会，国民党立委将全力支持入会议定书，在立法院通过，让台湾早日正式入会。不过，对于民进党政府多次提到在入会后，可以在世贸组织的架构下与中国方面进行谈判，王志刚则表示，在台湾正式入会前，有关政治性的问题不宜在这个时候有太明确的看法或主张。
此外，亲民党主席宋楚瑜更强调，两岸加入世贸组织最大的一项突破，就是可以避开敏感的政治主权争议，直接透过世贸组织进行两岸实质的经贸交流，但是民进党政府如果想藉由世贸组织架构来解决两岸政治问题，是一厢情愿的，不会获得各会员国的支持。宋楚瑜还说，过去开放程度较低的农业、汽车、家电、菸酒产销、营建业、专业服务市场等，将面临进口产品及外国业者与日俱增的竞争压力，而失业人口的暴增，大陆台商竞争力的减弱等，也是台湾加入世贸组织之后所必须面对的不利冲击。
宋楚瑜最后指出，进入WTO国际贸易体制后，两岸经贸往来势必遵守相关规范，到时台湾所处的周边国际环境将发生微妙的重大变化，因为台湾、美国、日本、东协及中国大陆都将透过世贸组织架构规范，从事双边或多边的经贸往来，彼此经贸关系将更为紧密，台湾如何强化在全球经贸体系中的国际角色，关系未来台湾在全球化过程中的地位。
