台湾农委会透露，明年元月两岸正式加入世贸组织后，台湾仍将对大陆农产品的进口「维持现状」，也就是开放项目和间接进口方式都不改变，而不是比照世贸组织其他会员国来办理。大陆农产品将无法与各会员国农产品一同进入台湾市场，而必须进行两岸会谈后，才可能对大陆开放。中华经济研究员的研究员吴惠林认为，台湾真正采取这种作法的可行性并不大。他说：“尤其由过去到现在，整个开放过程中，虽然不顺畅，可是两岸经济的往来，有没有在进行呢？其实，都有在进行，只是在暗中进行。走私就是一个明显的例子，尤其是农产品。另一方面也肥了黑社会，鼓励做坏事的人，对台湾的农民打击更大，因为农民以为受到保障，不会受到竞争，其实不是。怎样化暗为明，即使对岸不谈，我们也要开放，才会促进竞争，有竞争才有改变。”
台湾在世贸组织部长级会议中并未对大陆提出排除条款，不过台湾农委会指出，根据研判，由于大陆方面不承认台湾是一个国家，也不愿意在世贸组织架构下以国对国的方式进行正式会谈及沟通，因此即使两岸在进口项目方面有争议，中国也不致交付以「国与国方式进行」世贸组织的仲裁，所以在农产品进口部分，在双方没有「坐下来谈」之前，不会让大陆农产品比照一般世贸组织会员国进入台湾市场。对于两岸的经贸交流又受到政治问题的干扰，吴惠林教授说两岸的领导人都应该认清形势，以人民的利益为重，
吴惠林教授说：“因为表面上不谈，实际上，不知道已经往来到什么程度了，所以很难评估官方没有谈，都没进步，其实不然。可是资讯让我们看不到，民众就无法正确评估做法，大家都受害。因此要正视问题，也呼吁政治人物要勇敢诚实面对，问题如何？坐下来谈，不要隔空喊话，让资讯越来越透明，让民众自己去选择。政府扮演应该的角色，不要做不到的事又想干预，最后是搬砖砸脚。”
台湾农委会分析，包括花生等十四种关税配额农产品，在开放进口后将受到进口产品严重冲击，台湾已争取到的条件是－进口价格低于基准价格或进口量高于基准数量时，将可采取特别防卫措施，而这些可采防卫措施项目中，大多以大陆地区进口农产品最具竞争力。如果大陆农产品暂时无法进入台湾市场，也可以使台湾农民拥有更多时间进行调适。
