北京表示，中国对新疆穆斯林分离主义势力的镇压，是国际反恐怖运动的一部份。但是，一些观察家担心，中国也许会利用目前的反恐怖战争，作为扩大压制人权的借口。
最近几个星期，中国一直寻求国际社会对中国镇压维吾尔族独立运动的同情，这些维族人要求被他们称为东突厥的新疆获得独立。中国官员向外国记者介绍了北京所说的新疆维族分离势力和本拉登的基地恐怖网络之间的直接联系。中国表示，几百名新疆分离主义者在阿富汗接受过训练，他们的行动获得了国际恐怖组织的资助，他们制造了爆炸事件，绑架和袭击中国官员。
人权观察亚洲事务的华盛顿主任简居泽克谈到了中国有关新疆维族人获得阿富汗基地恐怖分子帮助的说法。他说：“根据情报机构的消息，有一些迹象表明，数量相对比较小、肯定不超过几百人的维族活动分子这些年在国外受训，其中一些人在阿富汗的训练营地里受训。但是这只代表新疆范围更广的运动当中的极小一部份，这个运动主要以和平方式要求更多的自治和独立。”
夏威夷大学新疆问题专家格拉德尼教授说，欧洲、澳大利亚和美国有几个海外维族组织，但是，这些组织还没有被确认为恐怖组织。格拉德尼说，中国热诚地支持美国领导的打击基地恐怖网络的军事行动，人们不应当对此感到意外，因为今年早些时候中国就已经正式组成了一个中亚地区反恐怖组织。他说，中国最担心的是一向在乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦十分活跃的“土耳其斯坦伊斯兰党”。他说：“这是一个十分激进的组织，显然与塔利班有联系并获得资助。本拉登就提到过中亚的自由之战。”
不过，格拉德尼说，新疆的维族人并不是全部属于一个分离运动。他还说，中国从来没有提出证据证明维族分离势力制造了中国发生的各种暴力事件。格拉德尼说：“甚至中国自己也承认，这些偶然发生的汽车爆炸或警察局遭到袭击等暴力事件规模比较小，大多属于少数民族个别叛乱事件，并不是经过充份组织的行动。有意思的是，象桥梁、铁路和炼油厂这样的基础设施从来没有遭到过袭击，而这些目标正是协调严密的分离组织首选的目标。”
中亚问题专家、哥伦比亚大学教授辛诺特认为，总体来说，新疆的暴乱是对中国在这一地区政策的自发反应。辛诺特说：“我认为新疆没有一个统一的分离运动，却有一个要求社会变革和政策调整的共同主张。新疆人感到几代人受到压迫，汉族人对他们说，他们的文化低人一等，他们提高社会地位的唯一途径就是学汉语，尽量汉化。”
人权观察最近发表的一份报告说，在从1996年开始的所谓严打运动中，中国任意逮捕了许多没有参与分离势力活动的维族人，还采取了其他行动，比如关闭清真寺、学校和维族人开办的企业等。简居泽克说，镇压的范围不限于参与暴力活动的人：“显然中国政府有其合理的安全考虑，也可以用刑法来惩处那些支持或者积极参与暴力活动的人。但是，中国一向的做法是，发动一个范围很广的运动，镇压新疆的几乎所有各类活动，只要中国相信这些活动以任何方式与倾向自治或支持分离的情绪和运动有关系。这正是问题所在。”
德国的一个东突信息中心说，自从九月十一号美国遭受恐怖袭击以来，中国已经拘留了三千多名维族人。格拉德尼说，这样的数字很难证实。不过，辛诺特说，中国现在似乎感到可以以反恐怖的名义做一切认为有必要的事情。辛诺特说：“中国感到现在有绿灯，他们可以继续想做什么就做什么。西方很少有人注意到新疆的逮捕、酷刑和上千名维族人失踪这些问题有多严重。现在，中国不仅继续大量逮捕维族人、特别是宗教人士，而且他们同时对西方说，‘我们这么做是跟你们打击同一批恐怖分子。’换句话说，‘我们就是通过逮捕我们自己的维族人也在打击基地恐怖组织。’”
联合国人权事务高级专员罗宾逊最近访问了北京，她表达了对在新疆、特别是维族人当中抱怨酷刑和虐待数量增加的忧虑。她敦促中国不要把反恐怖战争作为侵犯人权的借口。
