台湾总统陈水扁星期二再度重申保障新闻自由，不过法务部长陈定南在立法院则指出新闻自由在台湾遭到滥用。陈水扁26号应邀在第九届美国智库CSIS和台湾专家学者共同参与的台北圆桌会议中致词时，再次重申了保障新闻自由以及国安体系法制化的重要。他说：“政党轮替无法立即改变长年积累的结构性弊端，甚至近来有关国家安全管理机制不健全所衍生的争议，也暴露出国防与国安体系的缺失。”
陈水扁说国安局泄密事件并不会影响政府建立制度化监督机制的意志和决心，也不会减损对军队国家化与情治机关法治化的努力，更不会动摇台湾要以人权立国，保障新闻言论自由，捍卫民主、自由、人权的坚定方向。
美国著名的保护记者委员会日前致函陈水扁总统，对>杂志社遭到检调单位搜查予以谴责，并对台湾当局祭出国家安全的帽子表示高度关切，信中要求陈总统保证不以国家安全为藉口实施新闻检查。*法务部长陈定南指新闻自由遭滥用*
陈水扁26日正式回函给该协会，陈总统在信中特别以他个人于1984年因为蓬莱岛杂志批评当局入狱的经验，说明他对新闻自由关切的感同身受，他强调新闻自由与国家安全两者都不可偏废，将来完成法制化的工作之后，将提供国家安全与新闻自由最好的保障，他也希望保护记者协会能够了解台湾在民主与人权方面所做的努力。
尽管陈水扁总统如此信誓旦旦，但是法务部长陈定南在立法院接受质询时却指出，新闻自由在台湾遭到滥用。民党籍立法委员李全教问：“最近国际媒体报导有关我们检调单位搜索媒体，这些相关的报导，陈部长看了没？”陈定南答：“国外媒体有所误会，在外国先进国家，媒体的新闻道德自我要求很高，媒体的自律也很强，所以他们的媒体不会不加求证，不会不做平衡报导，针对不实的报导也都会接受更正，但是台湾的新闻自由已经被滥用了，国安局这件事是新闻自由被滥用，触犯国家法律。”
而因为报导国安局事件遭到搜索的>25号正式向高等法院提出抗告，>认为，高检署当天的搜索是违法搜索，因为>当天已经刊登，已经泄露的秘密就不再是秘密。>更认为，这些资料并不是国防机密，因此并没有触犯刑法109条。至于高检署查扣16万份杂志的部份，>要求应该发还，>强调，国家安全不可以无限上纲，也不应该成为掩饰体系弊端的护身符。至于同样被列为被告的>也对外声明，为了捍卫新闻自由必要时会据理力争。
