台湾救援人员仍在澎湖海域全力搜寻星期六华航班机空难人员的遗体以及飞机残骸。同时，一艘大陆渔船找到一具遗体，交给台湾巡逻艇。空难的不幸引发台北和北京官方的友好互动以及台湾在野党加快两岸三通的呼吁。
星期一,一艘大陆渔船将他们打捞上来的一具男性空难者遗体，在台湾海峡中线交给台湾海巡署的巡逻艇。这是两岸搜救合作的第一个具体进展。大陆官方宣布派调两艘船只前往空难水域，协助搜救。中国交通部官员还通知渔船和过往船舶提供协助。
据台湾方面报导，大陆搜救船只不会越过海峡中线台湾一侧水域。澎湖群岛位于台湾海峡中线附近，这条想象中的中线是双方实际上的分界线。
*台官方就搜救事宜与大陆保持接触*
另一方面，台湾救援船只的搜救范围已越过中线。台北方面表示，人道无国界，两岸均有默契，越线行动不具军事意义，不会受到大陆阻碍。
台湾陆委会副主任委员陈明通博士在接受采访时表示，台湾官方就搜救事宜包括海峡中线问题和大陆方面保持着接触：“这次我们通过海基会一直跟对方保持联系，在第一时间透过海基会告诉大陆方面，有几个大陆人士搭了这班飞机，可能会有一些事情发生。”
台北方面则对大陆遇难乘客的家属来台提供帮助。首批10名空难事件中的大陆乘客的家属，已经由香港抵达台湾。星期六坠毁在澎湖海面的台湾“华航”班机，共有225名乘客和机组人员，虽然人们盼望奇迹，但是生还希望已经渺茫。乘客当中有9名大陆籍人士。35名大陆乘客的家属将于今明两天在台湾半官方的“海基会”以及“红十字”的协助下，陆续抵达台湾处理后事，并前往澎湖。
*官方互动建立在人道共识基础上*
“海基会”副秘书长许惠佑说，台湾方面将提供“最大的方便”，把大陆遇难者的遗体运回大陆：“以往大陆发生意外事件的时候，我们都要求能够全尸运回，我想，对于大陆方面，我们基于同理，我们也期望给他们最大的方便，如果客观环境许可的话。”
空难的不幸，促成两岸官方友好互动。台湾陆委会副主委陈明通说，在这次不幸事件中，双方的互动是建立在人道主义的共识上的：“这次空难也有大陆人士、香港人士，所以最主要还是人道考量最优先，让生还者赶快获救，让罹难者赶快得到安顿。我想，在政策上，双方都有这个意愿，做人道方面的考量，在这样的考量之下，大家往这个目标来做互动。”
针对一些报导提到的把大陆遇难者遗体参照金马“小三通”模式，以“直航”方式从澎湖直接运回大陆的说法，陆委会副主委陈明通说，台湾方面将尊重家属意愿，在正常程序下尽快把遗体送回大陆。不过他说：既有的管道应该能够达到目的，也就是多数遗体会先运回台湾本岛，然后送往香港或大陆。
*空难事件刺激三通议题*
在台湾岛内，空难事件进一步刺激了有关两岸三通的政治议题。目前，两岸之间没有直接通航，旅行必须经过香港等第三地。这次出事的华航班机，从台北飞往香港，而多数乘客的目的地是中国大陆。
星期一，立法院国民党和亲民党两大在野党共同推出两岸人民关系条例修正案，为两岸直航解禁。有人借空难事件表示，飞机多起降一轮，就多一次风险，要从人性角度来考虑直航。但是陆委会高级官员陈明通表示，空难和三通问题要分开来处理：“我们还是了解这次不幸的事情，人道的考量最优先。三通有三通的政策。两岸人民关系条例的修改，也是体察客观环境的变化而提出一些修正，基本上还是分开来处理。”
目前，空难原因仍然不明。失事飞机的黑盒子目前仍未找到。
