台湾民进党政府有意整顿部份经营不善的基层农渔会金融机构，此举引来前总统李登辉的公开反对，使得陈水扁总统和李登辉之间的关系是否生变受到关注。
台湾地方上用来帮助农渔民借贷资金的农渔会信用部，近来成为了政治争议的焦点，由于这个特殊的金融体系出现呆帐过多的情形，因此成为民进党政府整顿的目标。陈水扁指出，到今年6月底，农渔会信用部平均逾放比是21％，逾放金额高达1400亿台币，如果问题再多拖1年，全台湾民众就要多负担1百亿的社会成本，每多拖过一天，改革的成本就大幅增加，所以不但不能保障农渔民的权益，很可能对整体金融体系造成严重冲击，衍生成金融风暴。
不过一向以农经博士自居的台联党精神领袖、前总统李登辉则大声的呼吁陈水扁总统，应该重视农渔会信用部的特殊性，如果任由商业银行来接管，将破坏农村的安定，李登辉还警告说，这样不照顾农渔民的政府，小心连政权都会没有了，他相信陈水扁总统是一个聪明的人，应该知道问题的严重性。
但是，陈水扁24号出席世界台商年会时却坚定的表示，有人警告如果再改革下去，可能政权不保，可是他个人认为不推动改革，政权也是不保。如果推动改革和不推动改革，政权都不保，那他选择改革，因为不敢改革是懦夫的表现，如果为了保有政权而不敢改革，则是自私的表现，所以他决定改革的方针不会改变。
*李登辉强调并非帮助在野党*
外界一般认为李、扁之间的关系相当密切的。两人如此公开的意见相左，对双方的关系会造成什么样的冲击呢？前瞻政策基金会主任魏庸教授发表了看法。他说：陈总统和民进党认为农渔会是国民党在地方上长期经营的基地，希望加以改变。李总统是学农经的，对于农渔会信用部继续维持有一定的立场，是不是这就代表李登辉前总统和陈总统将来在意见上会全面不一致，还需要观察。我想他们对两岸、国际的观点是接近的。
值得注意的是， 在野的国、亲两党与李登辉对农渔会的看法是一致。不过李登辉解释说，关心农渔民的立场是不分党派的，农渔会是相当中立的，如果以此认为他是帮助在野党，那就是太政治的讲法了。
事实上，农渔会的问题也延烧到了立法院，在第二会期开议第一天，陈情抗议行动一波接一波，其中来自全台三百多位农渔会自救会的代表，就抗议政府整并农渔会信合部的动作是在消灭农渔会。在野的国民党和亲民党两党立委也出面声援，由于气氛紧绷，立法院警力也在周边加强部署，预防有意外发生。最后在立法院长王金平出面接待并表达将加紧修法速度、关切农渔民生存问题后，抗议群众才逐渐散去。
