今年3月19号下午台湾总统大选投票前夕，寻求连任的陈水扁总统与副总统吕秀莲在台南市游街拜票的时候，遭到枪击受伤。由于枪击案发生的时间距离翌日3-20总统大选投票不足24小时，引起台湾社会各界高度关注。
淡江大学美国研究所教授陈一新在枪击案发生后数小时接受美国之音访问表示，这次是台湾总统选举有史以来，第一宗发生在投票前夕的候选人遭受枪击案，可能会影响中间选民的投票意向。
陈一新说：“乡镇地区的代表选举的时候，常常会利用类似枪击案的事件搏取同情票。但并不是特别指这次总统枪击案是这样，不过，过去曾经在乡镇代表或者县议员的选举有这种假装受伤搏取同情票的事情，往例很多。”
竞选连任的台湾总统陈水扁，在3-20总统大选，以2万9千多票，得票率百分之0.228的些微差距，险胜国亲联盟的对手连战。国民党主席连战在开票之后拒绝承认败选，认为双方得票差距太接近，选举结果是受到3-19枪击案影响。
**国民党：选举不公平**
连战说：“这是一个不公平的选举，3-19枪击案始终没有明白的真相的说明，它对于这次选举的影响，是不言而喻。”
国亲阵营提出台湾选举史上首次总统当选无效及选举无效两项诉讼，泛蓝阵营的群众不满选举结果，在总统府前广场，展开长达近月的抗争，期间发生严重暴力事件，亦有大学生绝食静坐，希望停止总统选举后的政治乱局。
5月中，因应国亲阵营提出的总统选举诉讼，台湾法院举行史上首次全面司法验票。11月4日，台湾高等法院将总统当选无效全案驳回，国亲阵营败诉。根据高等法院判决，经最后统计，「陈吕」与「连宋」的票数差距为2万5多票，不影响总统选举结果。国亲阵营对诉讼结果表示遗憾，并提出上诉。
虽然3-19枪击案至今仍未侦破，不过陈水扁总统如期在5-20举行就职典礼。陈水扁在就职演说中，以「宪政改革」取代他原先强调的「公投制宪」。陈水扁并表示，只要2300万台湾人民同意，不排除两岸将来发展任何形式的关系。
**改善两岸关系没有进展**
陈水扁说：“如果两岸之间能够本于善意，共同营造一个「和平发展、自由选择」的环境，未来中华民国与中华人民共和国或者台湾与中国之间，将发展任何形式的关系。”
为了改善两岸关系，陈水扁在双十谈话表示，两岸可「以92香港会谈为基础
」，寻求两岸恢复对话与沟通的管道。不过，陈水扁不承认92香港会谈有「一中各表」的「92共识」。两岸在「一中原则」上没有共识，有关改善两岸关系的春节包机亦没有任何进展。
另外，台湾史上首次全民公投，3月20号与总统大选一起举行，不过两项有关军购以及两岸关系的公投题目，都未达到法定百分之50的投票率。
