教皇保罗二世的遗体在不对外开放的仪式中安葬在圣彼得大教堂的地下。几百名世界各国领导人和几十万普通教徒参加了令人动情的葬礼弥撒。星期五教皇的遗体被安葬在圣彼得大教堂的地下墓室里，这个墓室里还安葬着在他之前的264位教皇中的很多教皇的遗体。只有教皇的亲密朋友和一些高级神职人员参加了这个葬礼。在教皇遗体下葬之前，公开举行的葬礼弥撒通过电视传播到世界各地。在人群的鼓掌声中，教皇的简单木制灵柩由12个人从大教堂抬进地下墓室。在举行弥撒期间，人群中有人要求教会现在就宣布约翰·保罗教皇为圣徒，而不要固守正常封圣程序，因为那可能需要几十年的时间。举行葬礼弥撒期间，数以千计来自世界各地的社会名流，包括君主、总统、政府总理以及宗教领袖在葬礼会场的前面就座。美国代表团是由布什总统率领的。世界各地的天主教徒参加了悼念教皇的仪式。教皇原名叫卡罗尔·沃伊提瓦，在担任了26年教皇之后，他在上星期六去世，终年84岁。
