东南亚安全专家认为，尽管出现了一些挫折，例如巴厘岛最近发生的爆炸，但近年来东南亚地区在反恐方面还是取得了很大成就。
自从美国2001年9月11号遭受袭击，以及巴厘岛2002年发生爆炸事件以来，东南亚各国加强了反恐措施。然而，巴厘岛上星期六再次发生爆炸，这使人怀疑东南亚各国的反恐措施是否充份。
*安全广泛改善*
当地安全专家说，东南亚各国国内和边境安全工作有了广泛的改善，各国政府和安全部队之间也加强了区域合作。
巴厘岛2002年发生导致202人死亡的爆炸事件之后，东南亚各国逮捕并监禁了数百名受到怀疑的伊斯兰激进分子，其中包括与恐怖组织基地网络，以及伊斯兰祈祷团有联系的几名重要首领。同2002年巴厘岛爆炸有关联的30多名伊斯兰祈祷团成员被审判定罪，其中几人被判死刑。
*公众未能了解取得进展*
新加坡风险控制组织公司的安全事务顾问霍纳说，这些成就没有得到应有的肯定。他说：“我们不经常听到这些国家的反恐成果，这是因为恐怖袭击在发生前就被消灭在萌芽状态了，这一点没有得到广泛宣传。遗憾的是，我们听到的都是成功实施的恐怖袭击，就象巴厘岛上星期六发生的那样。”
霍纳认为，恐怖分子之所以选择类似巴厘岛海滩餐馆等所谓的软目标，部份原因就是使馆、学校、购物中心和政府建筑周围加强了安全戒备。
*需进一步铲除激进组织*
其他专家和领导人认为，尽管加强反恐措施已经取得成效，但必须进一步努力，铲除伊斯兰祈祷团之类的组织。伊斯兰祈祷团被怀疑制造了上星期六的爆炸案。
新加坡南洋大学防务及战略研究所的反恐专家古纳拉特纳认为，东南亚各国政府，特别是印度尼西亚的领导人，在反恐方面做得不够。
他说：“印尼政府没有把伊斯兰祈祷团定为恐怖组织。伊斯兰祈祷团现在还是合法组织，可以完全合法地散发宣传品、招募成员和筹集资金。”
*反恐变得更加困难*
东南亚面临着一些问题使铲除恐怖主义变得困难。专家认为，其中一个问题就是当地的激进组织各行其是。
此外，很多东南亚国家的海上边界漫长，有很多漏洞可钻，因此在边境地带难以追踪和控制个人或团体的行动。
