台湾立法院经过激烈表决和争论，通过了2006年度中央政府总预算案，执政党在朝野立法委员表决大战中惨败，政府预算开支遭到删减和冻结的幅度创下新高。
星期四晚上，反对党占多数的立法院气氛紧张，面对国亲泛蓝阵营和无党派联盟的联手封杀，执政党民进党立法委员寡不敌众。结果政府预算开支被削减了364亿新台币，占预算总数的2.3%，创民进党执政以来的新高；遭到冻结的部份更高达2460亿元，占预算总额的16%，创下历年最高幅度。
*行政院三分之二预算被冻结*
其中行政院受到的影响最大，三分之二的预算经费被冻结。国防部列入预算的购买爱国者3型导弹、潜艇和P-3C反潜飞机的采购预付经费总计112亿元全部被删除。此外总统府、考试院、陆委会和新闻局等部门的预算开支都受到不同程度的冲击。民进党团报怨，由于大规模的预算裁减和冻结，陈水扁政府18%的改革计划将被迫终止或延缓。
政府立即做出强烈反应，行政院秘书长卓荣泰在记者会上语气强硬地说，泛蓝控制的立法院正在破坏中华民国五权分立的宪法：“对这样的结果，行政院表示强烈的遗憾。由中国国民党的孙中山先生创立的五权宪法已经荡然无存。五权宪法，四院开门，三权受阻，两院失衡，只有一院独大。”
民进党指责立法院的表决结果将对国家安全、经济发展和政令推行造成严重的的后果，等于是在和中共联手葬送台湾。民进党立法委员赖德清说：“这是马英九当党主席之后特有的现像，目无法纪，为所欲为，视宪法和法律如无物，已经变成国家的乱源。我们要求马英九要负起最大的责任。”
*泛蓝表示理财是立法院责任*
但是泛蓝阵营却表示，当家理财是立法院的责任，政府的预算方案受阻，说明政府的计划有问题。国民党立法委员郭素春说：“民进党沟通不良，协调不够，能力不足，效率不彰，所以很多预算必须要先冻结。”
兼任国民党副主席的立法院院长王金平肯定立法院对行政权力的制约，并解释说，预算方案中被冻结的款项并不等于删除，如果政府改进工作，加强沟通，他相信冻结是会解除的：“要求行政部门改善工作，改善做法，然后向立法院做一个报告，报告之后，大部份都还是给他们使用的嘛。到现在为止，并没有哪一笔冻结预算没有解冻使用，没有。这也是用预算方面的作为来行制衡之实。”
*行政院将提出复议*
但是民进党政府却认为，立法院预算表决带有明显的政党倾向，被删除或冻结的预算也带有明显的针对性。行政院秘书长卓荣泰表示，行政部门不能消极被动地接受这一不公正的表决结果，将对总预算案提出复议。
如果行政院提出复议，那将创下中华民国宪政史上的先例，观察人士认为，这势必在台湾政坛掀起新的波澜，加剧朝野之间的冲突和对立。 国亲两党已经扬言，将强力否决行政院提出的任何复议，并表示，如果因复议案的提出使总预算案受到拖延，行政院需自行负责。
行政院的复议案若要在立法院获得通过，需要获得二分之一以上的赞成票。分析人士认为，在目前朝小野大的立法院里，行政院获胜的希望不大。
