印尼警方说，过去4年来恐怖分子在印尼进行的一切行动都是本拉登的基地组织资助的。据信，这些袭击由国内的恐怖组织伊斯兰祈祷团开展。据了解，该组织与基地组织有关联，但是新的情报显示这两个恐怖集团间关系的密切程度超过了许多人的估计。
人们早就知道伊斯兰祈祷团是更大规模的基地网络在东南亚的分支集团，但有相对自主能力。但是印尼反恐高级官员、警方上校戈洛斯发表的言论却暗示两者之间有更为密切的关系。
*911幕后黑手亲送资金资助巴喱岛爆炸*
戈洛斯星期二对记者说，美国9/11袭击事件的幕后黑手哈立德亲自送了3万美元资金，资助伊斯兰祈祷团2002年10月在印尼巴喱岛夜总会首次发动的重大爆炸袭击，这次行动杀害了两百多人。
戈洛斯说，哈立德还出钱资助第二次重大袭击，就是一年后在雅加达爆炸万豪大酒店。戈洛斯说，最后两次袭击，即2004年爆炸澳大利亚使馆和去年在巴喱岛三家饭馆的自杀爆炸袭击，都至少是部分利用了前两次行动剩余的经费。
悉尼.琼斯是总部在布鲁塞尔的国际危机团体的地区办公室主任。他把伊斯兰祈祷团比作一个非政府组织，他们向一个更大的组织要经费。他说：“基地组织没有直接控制伊斯兰祈祷团。我们了解这种关系类似于非政府组织和资金捐赠机构之间的关系，但是赞助机构不能直接掌控非政府组织如何使用资金，它只能在同意非政府组织所提出的行动目标时，给予资金。”
*数十名伊斯兰祈祷团成员被捕*
从爆炸案发生以来，已经有几十名伊斯兰祈祷团成员被捕。其中包括该集团的主要军事领袖兼与基地组织的主要联系人，他被称为汉巴利。目前由美国关押，地点不明。
虽然大多数分析人士相信，伊斯兰祈祷团这个组织在搜捕行动中严重受损，但是他们说，该组织不论有没有基地组织的帮助，仍然有能力开展袭击行动。
