台湾在野的民进党主席蔡英文批评，执政的国民党在和中国互动上有主权倒退的倾向。对此，台湾学者也发表了看法。
蔡英文日前表示，民进党很在乎马英九总统在就职演说当中没有提到台湾人民决定自己前途的谈话。她说，2300万台湾人民拥有主权，这是一项事实，并没有什么不可告人之处。
蔡英文还指出，国民党90年代的两岸立场是一中各表，但是，为何现在却接受了九二共识？她认为，国民党的主权主张比1990年代更加倒退。
台湾中央研究院近代史研究员陈仪深教授认为，两岸政府的互动还没有正式展开，批评台湾的主权倒退，可能言之过早。
他说：“因为海基会和陆委会也在协调要怎么去谈，如果真的能搁置主权的争议，应该谈不上矮化，只是在言辞上，不要刺激对方，用马英九的话是说互不否定，如果能做到这样，就是一种搁置争议。”
政治大学国际关系研究中心研究员蔡玮教授认为，民进党对两岸关系的看法，仍然太过于强调意识形态，已经和目前的政治现实有所脱节。
他说：“就这次选举的结果看来，台湾的民意希望在不丧失对等尊严的前提下和大陆进行密切的经济交往，政治上寻求妥协或是解决。但是，从另一方面来看，觉得民进党似乎还没有从败选的过程之中，或是结果得到深切的体会和教训。”
面对民进党在主权问题上的坚持和压力，是否会对国民党目前的两岸政策产生负面作用？台湾中央研究院近代史研究员陈仪深教授认为，在野党的反对意见，事实上，也是一种对外的谈判筹码。
他说：“民进党如果施加压力，应该也可以让国民党和北京互动的过程里有一些筹码，否则太一面倒，太迁就连战、江丙坤党对党的那种印象的话，那马英九会失去总统的高度。所以，不同的政党在台湾，让她有不同的声音，对和北京谈判交往，也不见得是负面的。
政治大学国际关系研究中心研究员蔡玮教授认为，国民党既然获得了大多数民意的支持，就应该贯彻意志，做该做的事。
他说：“如果(朝野)真的没有办法达到共识或妥协的话，按照民主政治的精神，还是要少数服从多数，该怎么做，马英九政府还是要拿出一个方向，不能像赵氏父子骑驴，左右进退失据，怎么样都不对。我觉得还是要一些自己的主体价值和坚持。”
台湾行政院长刘兆玄星期二表示，这次台湾海基会和大陆海协会复谈的授权范围只有周末包机和陆客来台，并不涉及其他的政治谈判。不过，民进党立委蔡煌琅则要求两会在签署法律文件时，不可以出现九二共识的文字，对此，刘兆玄说，会慎重考虑。
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