在海协会会长陈云林访台之际，台湾总统马英九除了重申他在两岸政策上的立场外，还做出自我评价。
马英九政府上台以来一直以推动两岸和解为目标，这样的走向不断受到在野党攻击，并被指为卖台。在海协会会长陈云林访台之前，马英九在不同媒体上再次重申他的两岸政策、台湾主权立场。
*强调坚持主权与尊严*
在接受联合报专访时，马英九强调他坚持台湾主权与尊严，并直接点名“反对党批评也要讲证据”、“哪有自我矮化或卖台，在野党说出一件来看看”，并且批评民进党“都是一些抽象的卖台、亲中概念，没有具体的”。
马英九也强调台湾与大陆的关系是“中华民国底下的台湾地区，与中华民国底下的大陆地区”。他并且反过来称赞民进党，说星期一开始的江陈会当中除了食品安全议题，另外三项议题都是民进党执政时代奠定基础的，包括了两岸直航部分。马英九说“若没有民进党起头，不会这么快达成”，并且赞扬近日经常批判他的民进党党主席蔡英文，在担任陆委会主委时推动小三通，马英九说“我肯定她，这是民进党的贡献”。
对此，台湾智库执行委员、前民进党中国事务部主任赖怡忠表示部分赞同，但也提出质疑。他说：“实际上像这些议题，本来就是民进党有起头，所以马英九讲有关民进党起头的部分，是正确的。但问题的关键是在这次陈云林过来，最重要的问题是在主权上面。第一点，马政府不能够因为陈云林在，就把台湾的国旗，或者台湾本身独立司法都通通移除。也不能说跟陈云林在讲话时，我们的官员自动把‘中华民国’这四个字完全消音，这是完全不能够接受的事情。”
马英九在联合报访问中指出，从3月26日布什总统与胡锦涛的热线之后，新华社英文网站公开提到一中各表，到现在大陆方面未再提起一中各表，这就表示双方已经在两岸关系上有默契，也就是“搁置争议，追求双赢”。
不过，赖怡忠认为情况并不像马英九想的那么乐观。他说：“如果说是一中各表的话，既然中华人民共和国可以代表中国去参加(国际组织) ，那为什么在一些其他的国际组织，中华民国本身就是会员的，它(中国方面)就没有资格去参加？所以这马英九说的一中各表，是存在的吗？很明显，到现在来讲，中国都没有承认喔。如果说要求中华人民共和国口头承认一中各表是缘木求鱼，那起码当他的官员到台湾的时候，见到马总统，总要称呼马总统吧。”
而在接受台湾苹果日报专访时，马英九则再次表示希望陈云林称呼他为“中华民国总统”。另外根据台湾自由时报报导，马英九接受台中广播电台主持人文平采访时，强调“我是中华民国总统，我是台湾人一票一票选出来的”，并且当主持人与他打赌陈云林将会称呼他为总统时，马英九回答“我希望你赢”。
*民进党拿国旗做文章*
对于民进党要求与陈云林会面时，在现场摆设中华民国国旗，马英九则语带保留地表示，“我们不会刻意去做些什么”。他并且在这个议题上反击民进党，说“大部分时间他们都没有想到国旗，这样增加他们对国旗的热爱”。
马英九在联合报的报导当中自我评价，在两岸关系上面，他“比不上蒋经国，但比较陈水扁与李登辉两任前总统，在概念上没有超过，但实际上有超过”。而在苹果日报的访问里，马英九也提到希望在他第一届任期之内，能够签署两岸签订和平协议。不过他也承认有些因素并不是他能够掌控的。
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