复兴航空公司空难后的第二天，台湾民航局要求该公司严格整改其ATR机队。71名飞行员将参加两个阶段的培训，合格后才能继续放飞。
由法国和意大利联合制造的双发螺旋桨飞机ATR 72是台湾复兴航空公司的主要机型之一，他们拥有两款共10架。 2014年7月23日，复兴航空公司一架14年机龄的ATR 72-500型飞机在澎湖降落时遇到风雨，随即在被迫复飞的过程中坠毁，结果造成48人死亡，10人重伤。2月4日星期三失事的ATR 72-600型投入使用仅8个月，这是半年之内复兴航空坠毁的第二架同型机。截至到周五晚间，这场空难已造成35人死亡， 15人受伤，目前仍有8人失踪。
空难发生后，台湾交通部民用航空局经过深度检查发现，复兴航空的ATR 72型飞机最近5年有5次出现异常，其中有3次属于发动机叶片制造品质不良，2月4日失事的新机即遭遇其中的2次。另外一次质量问题曾造成飞机起飞后引擎失火的严重后果。余下的2次异常可能源于复兴航空的维护问题，一次涉及到螺旋桨的调速系统，另一次与发动机油量控制器有关。
这些简单的数据透露出一个不容乐观的事实：作为复兴航空公司的主力机型，ATR 72质量或许存在先天不足，而后天的维护也无法做到不出错。
台湾民航局长林志明在周五下午的新闻发布会上宣布，复兴航空近期需要提出强化训练、加强管理的计划。目前该公司ATR机队的71位驾驶员将接受两个阶段的强化训练，包括第一阶段基础知识的笔试和口试，时间为3到4天，内容以遵守SOT即标准作业程序及处置异常情况为主，不合格者将立即停飞。民航局将组织复兴航空公司以外的专家主持这项工作，力求在2月19日开始的春节假期前完成。
第二阶段的测试将在飞行模拟器上进行。目前台湾尚未购买ATR机型的模拟器，所以飞行员将安排至其他国家参加测试，为期3到10天。只有通过检查认证后才能继续放飞。
民航局标准组组长林俊良表示，经过整顿以后，他有信心让自己和亲人搭乘ATR飞机。但并不是所有乘客目前都具有同样的信心。迫于民众压力，复兴航空公司已提供全面退票业务，免受任何手续费。
复兴航空公司总经理吴沪生说他们将聘请世界级的飞行安全专家团队开展为期一年的会诊，全面测试公司的航务、训练、维修和飞行安全管理，并提出系统的改进意见。吴沪生将每周一次向民航局报告公司的整改进度。
星期五下午早些时候，台湾飞航安全委员会公布了飞航记录器即黑匣子的解读结果。专家判定，复兴航空这架飞机的左右两个发动机失去功能后导致断油失速，飞机随即坠入基隆河。飞机从台北松山机场起飞到坠毁历时大约13分钟。至于发动机的失速来自于机械故障还是飞行员可能的误操作，台湾飞安会认为需进一步甄别认定。
