国民党在台湾九合一选举中惨败后，台湾总统马英九引咎辞去他兼任的国民党主席职务。马英九政府推行的两岸政策被认为是导致此次国民党选举失利的一个重要原因，甚至有人将此次地方选举视作民众对马英九推动与中国大陆加速整合政策进行的意见公投。