美国星期二上午纽约世贸中心大厦和华盛顿五角大楼受到前所未有的恐怖主义袭击后，普遍猜测穆斯林可能与这次恐怖袭击有关。美国的一些主要穆斯林组织在事件发生后立即发表声明，谴责恐怖主义袭击。美国穆斯林联盟、美国穆斯林委员会和美国穆斯林关系委员会等美国穆斯林组织联名写信给布什总统。信中表示，美国的穆斯林坚定不移地谴责恐怖主义对美国的袭击，并呼吁布什总统提醒美国同胞，此时此刻全体美国人应当团结一致，共同面对恐怖主义十恶不赦的罪行。信中说，猜测性的指责和一成不变的定论只能伤害无辜的人，危及社会和人们的自由权利。在这悲痛的日子里，穆斯林和其他美国人站在一起。美国穆斯林关系委员会还敦促美籍穆斯林帮助救援和恢复行动，献血以及向救济机构捐款，同时警告他们采取措施，防范发生可能针对穆斯林的报复行动，并建议穿戴传统服装的穆斯林近期不要前往公共场合。
袭击美国的恐怖主义事件发生后不久，穆斯林组织开始陆续受到仇恨穆斯林的电子邮件。首都华盛顿地区的一些穆斯林受到骚扰。一名男子在路上截住一名来自伊拉克的穆斯林，对他说，你们为什么不再投炸弹炸我们美国呢？华府地区乔治敦大学外交学院的伊斯兰历史教授福尔说，三名穆斯林女学生通过电子邮件请假，说 为了避免受到骚扰，不敢穿着穆斯林服装去上课。在斯普林菲尔德市的华盛顿伊斯兰学院，作为防范措施，校方提前让学生放学回家。在华盛顿地区的伊斯兰中心祷告的穆斯林忧心重重。 维州亚历山德里亚市老城的一家穆斯林书店的老板说，星期二晚间有人用砖头砸破店前面的玻璃。其中一块砖头绑着的纸条写着，�杀死阿拉伯凶手�，另外一张纸条上说，�你到美国来杀人，你也必须死。�店老板说，他已经料想会发生这一切。他责怪媒体整天在谈伊斯兰恐怖主义。
*美穆斯林表示心在美国*
在杜勒斯国际机场附近的一个伊斯兰社区中心，墙上被人涂写上亵渎和反对穆斯林的语言。在旧金山，一个清真寺的大门上被人泼撒上血迹。在华盛顿州，反穆斯林的言论导致一所监狱里的犯人发生殴斗。在维州斯特灵市的一个伊斯兰社区中心，当人们星期三上午准备乘车前往红十字会献血时发现，中心的走廊上写着，�永远烧死穆斯林�等恶毒语言。一名16 年前从巴基斯坦移民美国的穆斯林说，人们应当理解，我们生活在这里，我们没有搞恐怖活动。在加州的卡尔弗市，一名妇女把�凶手�的字样涂在一个清真寺的墙上。寺庙长老说，他理解这名妇女是感情用事。他说，恐怖主义并不代表所有的阿拉伯人，更不用说所有的穆斯林，穆斯林不杀无辜。在德州达拉斯郊外的一个伊斯兰中心，星期一晚间人们听到至少 6 声枪响。次日早晨，前来祈祷的穆斯林发现子弹击中这个清真寺。不过没有造成人员的伤亡。
在美国，几乎所有的穆斯林和阿拉伯团体，包括那些不愿意指责巴勒斯坦自杀式爆炸杀手的组织，联合谴责袭击美国的恐怖主义行动。他们表示，伊斯兰是热爱和平的宗教，他们心在美国，忠于美国，而不在外国的极端主义者一方。大圣路易斯地区伊斯兰基金会主席哈亚特说，许多人错误地认为，穆斯林支持恐怖主义。但是，穆斯林信徒决不允许在任何一个社会发生像纽约发生的恐怖行动。在远离美国的澳大利亚，一辆运载穆斯林儿童的校车显然因为恐怖主义袭击美国而成为报复对象。这辆校车星期三在东北部城市布里斯班受到石块和瓶子的袭击。车上的孩子们受到惊吓，但没有任何人受伤。在德国，最大的穆斯林团体，伊斯兰委员会主席厄兹多安说，没有一个穆斯林会同情恐怖主义，并呼吁所有的穆斯林与有关安全人员密切合作。
