加拿大政府下令，在所有机场、海关和边境口岸，对于来自16个伊斯兰国家具有飞行驾驶、飞机维修、生物化工、核技术，以及国防通讯等背景的人士进行严格检查，防止恐怖分子进入加拿大并向美国发动第二轮恐怖袭击。 加拿大【环球邮报】获得的加拿大政府发给海关及移民官员的一份内部通报列出了特别检查名单，其中有阿富汗、巴基斯坦、阿尔巴尼亚、苏丹、也门、沙特阿拉伯、黎巴嫩，以及前苏联的中亚国家。这份内部通报明确表示，来自这些国家并具有以上背景的人士，有可能是恐怖分子。通报说，恐怖分子大多是男性，年纪通常在16岁到50岁之间。
前加拿大情报局的负责人哈里斯星期三公开警告说，加拿大必须防止由于对美国恐怖袭击事件的反应，而使得加拿大成为恐怖分子袭击的下一个目标。他说，目前他最大的担忧是，当加拿大被迫做出反应的时候，尽管这种反应并不过份，包括驱逐出境，以及逮捕可疑人士，结果发现自己一下成了某些恐怖组织的对立面。哈里斯表示，以往恐怖组织只是在加拿大建立基地，策划对美国的恐怖袭击，很少攻击加拿大境内的目标。他认为，如今恐怖分子为了报复，很可能也在加拿大境内制造恐怖事件。他特别指出，加拿大各地的核电厂以及核工业设施，最有可能成为恐怖分子袭击的目标。 加拿大总理克雷蒂安明确表示，加拿大不能因为担心受报复，就对恐怖分子手软。他说：“我们决心对恐怖主义采取行动，并不会因为担心报复而退缩。”
加通社报导说，在加拿大加强边境检查的同时，警方及情报机构已经在全国范围内对隐藏的恐怖组织展开了大规模的调查及搜捕行动。加拿大情报局估计，至少有300名恐怖分子隐藏在加拿大，他们分别属于50个世界上比较活跃的恐怖组织。
